مهمترين نمود انديشه سياسي امام خميني در مسأله حكومت، سياست و ولايت فقيه، تأليف كتاب "كشف الاسرار" در سال 1322 است كه در پاسخ كتابي به نام "اسرار هزار ساله" نوشته شده است. از آنجا كه نويسنده كتاب يادشده، "حكميزاده" فرزند يكي از علماي بزرگ قم بود كه سابقه طلبگي نيز داشت و در آن انتقادات متعددي از برخي معتقدات شيعيان، كه آنها را خرافه ميپنداشت و نيز از تشكيلات روحانيت كرده بود، نگرانيهاي جدي را بين حوزويان و علما ايجاد كرد. امام خميني(ره) در آن ايام، جلسات درس اخلاق داشت. روزي در مسير راه خود به مدرسه فيضيه، متوجه تجمع و غوغاي برخي از طلبهها بر سر كتاب اسرار هزار ساله گرديد. از اين رو پس از تهيه و مطالعه كتاب، درس خود را تعطيل و در مدت يك ماه و نيم الي دو ماه كشف الاسرار را در رد كتاب يادشده نوشت و براي پرهيز از شهرتطلبي، كتاب بدون نام مؤلف منتشر شد، اما پس از مدتي برخي از خواص و سپس تعداد بيشتري از روحانيون، نويسنده را شناختند. به هر روي كشف الاسرار مهمترين و مستدلترين پاسخي بود كه به شبهات اسرار هزار ساله داده شد.1
در اين كتاب غير از ابعاد علمي، تاريخي، كلامي، انديشه سياسي امام نيز خصوصا در مسأله و موضوع حكومت منعكس گرديده است. در بعد سياسي علاوه بر انتقاد از رژيم رضاخان، اصلاح وضعيت ارتش به صورت مشخص، بحث مختصري درباره حكومت اسلامي و نقش علما و فقها در آن آمده است. نظر به اهميت نگرش امام درباره حكومت اسلامي عين جملات حضرتشان ذيلاً ميآيد. ايشان در باب سلطنت در كشف الاسرار مينويسد: «هيچ فقيهي تا كنون نگفته و در كتابي هم ننوشته كه ما شاه هستيم يا سلطنت حق ماست. آري اگر سلطنتي و حكومتي تشكيل شود، هر خردمندي تصديق ميكند كه آن خوب است و مطابق مصالح كشور و مردم است. البته تشكيلاتي كه براساس احكام خدا و عدل الهي تأسيس شود، بهترين تشكيلات است؛ لكن اكنون كه آن را نميپذيرند. اينها هم با اين نيمه تشكيلات هيچگاه مخالفت نكرده، اساس حكومت را نخواستند به هم بزنند و اگر گاهي هم با شخص سلطاني مخالفت كردند مخالفت با همان شخص بوده، از باب آنكه او را مخالف صلاح كشور تشخيص دادند وگرنه با اصل اساس سلطنت تا كنون از اين طبقه مخالفتي ابراز نشده است، بلكه بسياري از علماي بزرگ عاليمقام در تشكيلات مملكتي با سلاطين همراهيها كردند.2