«سال‌هاست كه كسي عقائد ارسطو را به عنوان حقيقت، تلقّي نمي‌كند.
. . . آخر، كدام عقول عشره؟ كدام افلاك؟ چگونه ما عقائدمان را بر اموري مبتني كنيم كه اصلاً پايه ندارد.»
وي درباره فلسفه «افلاطوني» مي‌گويد: «فلسفه افلاطوني بر مُثل و ايدهها مبتني است و مُثل چيزي نيست كه اكنون بتوان وجود آنها را اثبات كرد و هيچ فيلسوفي هم نيست كه امروز به وجود آنها معتقد باشد.»
او درباره فلسفه «ملاصدرا» مي‌گويد:
«پايه‌هايي كه فلسفه صدرالمتألهين بر آن، استوار بوده فرو ريخته است.»(1)
دكتر سيد يحيي يثربي نيز مي‌گويد:
« چنين معروف است كه صدرا در حكمت متعاليه‌اش فلسفه مشّاء، اشراق، كلام و عرفان را جمع كرده است. بسياري از پيروان او نيز اين كار بيسابقه و شگفت‌انگيز او را ستوده‌اند. اما من بر خلاف آنان، چنين ادعايي را نه تنها منطقي و درست نمي‌دانم بلكه داراي عوارض و آثار منفي نيز مي‌دانم.» (2)
1- رابطه دين و فلسفه در گفتگو با دكتر عبدالجواد فلاطوري برگرفته از نشريه دانشگاه انقلاب شماره 99/98. 2 - كتاب فلسفه مشاء، تأليف دكتر سيد يحيي يثربي، چاپ دوم، قم،بوستان كتاب، سال 1386، ص31.2