محمد بن اسمعيل بخاري (متوفي 256 ق) که اهل سنت او را نخستين گرد آورنده احاديث صحيح مي دانند(10), مورد انتقاد و اعتراض مرحوم شرف الدين قرار گرفته است. ايشان در المراجعات و نيز الفصول المهمة از او انتقاد کرده که چرا از اهل بيت (ع) روايتي نقل نکرده است, بخاري از امام حسن مجتبي, امام صادق, امام کاظم, امام رضا, امام جواد, امام هادي و امام حسن عسکري و ساير اعضاي خاندان پيامبر (ص), چون حسن مثني, زيد شهيد, نفس زکيه,... روايتي ذکر نکرده است, ولي در الجامع الصحيح (!) خود از مروان بن الحکم و مبلغ خوارج عمران بن حطان که قاتل امير المؤمنين (ع) را مدح کرده است, روايت مي کند (ص 415), ابوريّه در انتقادات خود بر بخاري به کلام مرحوم سيد در الفصول المهمة با عبارت:
قال العلامة عبدالحسين شرف الدين...,
استناد کرده است. (11)
در مراجعه 28 نيز به ناديده گرفتن مقام اهل البيت (ع) از سوي بخاري, اشاره شده است و نيز آنجا که از حديث منزلت سخن مي گويد, مي نويسد:
اگر اين حديث ثابت نشده بود, بخاري با ملاحظه ناديده گرفتن مقام اهل بيت (ع), حديث را ذکر نمي کرد.
(ص 200).
بخاري آنگاه که حديثي از عايشه درباره شدت بيماري پيامبر (ص) ذکر مي کند, آورده است:
پيامبر ميان دو مرد خارج شد در حالي که پاهاي اوبه زمين کشيده مي شد, عباس و ديگري.
راوي از ابن عباس از فرد دوم مي پرسد که عايشه از او نامي نبرده بود, مي گويد:
او علي بن ابي طالب بود, عايشه او را خوش نمي دارد... بخاري جمله اخير ابن عباس را حذف کرده است و مرحوم سيد بيان مي دارد که اين عادت او در اين چنين مواردي است. (ص 319 پاورقي 2).