وقتى بر اساس اراده الهى حكومت اسلامى تشكيل شد، بايد احكام و قوانين اسلامى در جامعه اجرا گردد و به مانند حكومت هاى ديگر در مواردى بايد از قوه قهريه استفاده كرد، حكومت بايد از ابزارهاى لازم جهت برخورد با متخلّفان برخوردار باشد، بايد براى متخلّفان و مجرمان زندان، جريمه و مجازات در نظر بگيرد و بايد از نيروهاى نظامى و انتظامى جهت مبارزه با دشمنان خارجى و سركوب آشوبهاى داخلى استفاده كند; و حكومت نمى تواند تنها به توصيه اخلاقى اكتفا كند.
حاكمى كه از قوه قهريه برخوردار نيست و فقط به توصيه و تذكر اكتفا مى كند، معلم اخلاق است نه حاكم! پس از آن كه حكومت اسلامى و حكومت حقّى تشكيل شد و مردم آن حكومت را پذيرفتند و با آن بيعت كردند و حكومت مشغول اجراى احكام و قوانين اسلامى و رسيدگى به امور كشور و مردم گرديد، اگر كسانى آشوب و شورش كردند، بايد با آنها مبارزه كرد.
چنانكه در فقه اسلامى آمده است كه در برابر آشوبگران كه اصطلاحاً «اهل بغى» ناميده مى شوند، جهاد واجب است. چنانكه على(عليه السلام) با آشوبگران مبارزه كرد و آنها را سرجاى خود نشاند.
على(عليه السلام) پس از رحلت پيامبر كه مردم حاضر نشدند با ايشان بيعت كنند و در نتيجه حكومت در اختيار ديگران قرار گرفت، به ارشاد و راهنمايى مردم پرداختند و در طول 25 سال اين وظيفه را ادامه دادند و از حكومت كناره گرفتند.
اما وقتى جمعيت انبوهى از نقاط گوناگون كشورهاى اسلامى، مثل مصر و عراق و نيز مردم مدينه، اطراف منزل ايشان جمع شدند و با ايشان بيعت كردند و حاضر شدند ايشان را به عنوان امام و مقتداى خويش بپذيرند، حضرت حجّت را بر خود تمام ديدند و حكومت بر مردم را پذيرفتند.
چون يا وجود آن جمعيت عظيم و بيعت آنان كه در تاريخ اسلام بى نظير بود، توجيهى براى كناره گرفتن از حكومت باقى نماند و ايشان مجبور شدند كه حكومت را بپذيرند; با اين كه هيچ علاقه اى به حكومت بر مردم نداشتند و تنها احساس وظيفه الهى در پرتو بيعت مردم موجب پذيرش حكومت از سوى ايشان گرديد، چنانكه فرمودند:
«أَمَّا وَالَّذِى فَلَقَ الْحَبَّةَ وَ بَرَأَ النَّسَمَةَ لَوْلاَ حُضُورُ الْحَاضِرِ وَقِيامُ الْحُجَّةِ بِوُجُودِ النّاصِرِ، وَمَا أَخَذَ اللَّهُ عَلَى الْعُلَمَاءِ أَنْ لاَ يُقَارُّوا عَلَى كِظَّةِ ظَالِم وَ لاَ سَغَبِ مَظْلُوم لاََلْقَيْتُ حَبْلَهَا عَلَى غَارِبِهَا وَ لَسَقَيْتُ آخِرَهَا بِكَأْسِ اَوَّلِهَا وَ لاَلْفَيْتُمْ دُنْيَاكُمْ هذِهِ أَزْهَدَ عِنْدِى مِنْ عَفْطَةِ عَنْز...» [1]
به خدايى كه دانه را شكافت و جان را آفريد، اگر اين بيعت كنندگان نبودند و ياران حجت بر من تمام نمى ساختند، و خدا علما را نفرموده بود تا ستمكار شكمباره را بر نتابند و به يارى گرسنگان ستمديده بشتابند، رشته اين كار را از دست مى گذاشتم و پايانش را چون آغازش مى انگاشتم، و چون گذشته خود را كنار مى كشيدم و مى ديديد كه دنياى شما را به چيزى نمى شمارم و حكومت را پشيزى ارزش نمى گذارم.