امام خمينى رهبر انقلاب و بنيانگذار جمهورى اسلامى ايران طى پيامى شهادت مجاهد صديق و عارف مؤمن دكتر چمران را به پيشگاه امام زمان ( عج ) و ملتهاى مسلمان ايران و لبنان - رزمندگان در راه حق و خانواده اين مجاهد نستوه تبريك و تسليت گفتند
متن پيام امام خمينى بدين شرح است :
بسم الله الرحمن الرحيم
انا لله و انا اليه راجعون
شهادت انسان ساز سردار پرافتخار اسلام و مجاهد بيدار و متعهد راه تعالى و پيوستن به ملاء اعلى دكتر مصطفى چمران را به پيشگاه ولى عصر ارواحنا فداه تسليت و تبريك عرض مى كنم تسليت از آن رو كه ملت شهيد پرور ما سربازى را از دست داد كه در جبهه هاى نبرد با باطل چه در لبنان و چه در ايران حماسه مى آفريد و سرلوحه مرام او اسلام عزيز و پيروزى حق بر باطل بود او جنگجوئى پرهيزگار و معلمى متعهد بود كه كشور اسلامى ما به او و امثال او احتياج مبرم داشت و تبريك از آن رو كه اسلام بزرگ چنين فرزندانى تقديم ملت ها و توده هاى مستضعف مى كند و سردارانى همچون او در دامن تربيت خود پرورش ميدهد مگر چنين نيست كه زندگى عقيده و جهاد در راه آنست چمران عزيز با عقيده پاك خالص غير وابسته به دستجات و گروههاى سياسى و عقيده به هدف بزرگ الهى جهاد را در راه آن از آغاز زندگى شروع و با آن ختم كرد او در حيات با نور معرفت و پيوستگى به خدا قدم نهاد و در راه آن به جهاد برخاست و جان خود را نثار كرد او با سرافرازى زيست و با سرافرازى شهيد شد و به حق رسيد هنر آنست كه بى هياهوهاى سياسى و خودنمائى هاى شيطانى براى خدا به جهاد برخيزد و خود را فداى هدف كند نه هوى و اين هنر مردان خدا است و او در پيشگاه خداى بزرگ با آبرو رفت روانش شاد و يادش بخير و اما ما مى توانيم چنين هنرى داشته باشيم با خداست كه دستمان را بگيرد و از ظلمات جهالت و نفسانيت برهاند من اين ضايعه را به ملت شريف ايران و لبنان بلكه به ملت هاى مسلمان و قواى مسلح و رزمندگان در راه حق و به خاندان و برادر محترم اين مجاهد عزيز تسليت عرض مى كنم و از خداوند تعالى رحمت براى او و صبر و اجر براى بازماندگان محترمش خواهانم اول تيرماه شصت - روح الله الموسوى الخمينى