در روزهاى ورود سيد جمال الدين مشهور به افغانى (يا اسد آبادى ) به تهران سيد با شيخ هادى نجم آبادى كه از دانشمندان روشنفكر ايران بود ملاقاتها كرد تا نقشه اى براى بيدارى مردم ايران طرح كنند و ايرانيان را به مفهوم آزادى ، برابرى ، برادرى كه پايه و اساس اتحاد اسلامى است آشنا سازند و حكومت مشروطه را جايگزين دولت استبدارى قاجار گردانند.
شيخ پيشنهاد كرد كه چون مردم سواد ندارند و در خواب غفلت و نادانى دست و پا مى زنند از فهم سخنان شما عاجزند و چماق تكفير را كه بزرگترين حربه ناجوانمردانه است بر سر ما كوبند و در كوى و بر زن فرياد برآورند: ايها الناس بگيريد كه اين هم بابى است .
بر اين خوب است كه آرام آرام درسى بنام تفسير قرآن مجيد را آغاز كنيد، كم كم خوبيهاى آزادى و مفاسد استبداد را در تفسير كلمات و آيات آسمانى بيان نمائيد تا گروهى از طلاب به حقايق آشنا شوند. دانش پژوهان را پرورش دهيد تا به مرور ايام مقدمات تحول اساسى را در كشور عقب افتاده ايران فراهم نمائيد.
سيد پندهاى شيخ را نپذيرفت ، معتقد بود كه ايران نياز به انقلاب و خونريزى دارد، اگر انقلابى ايجاد نشود و سلطنت قاجار منقرض نگردد بزودى نام ايران و ايرانى از بين خواهد رفت .
نانكه خوانده و نوشته و ديده ايم اين مرد بزرگ را در تهران عصر ناصرى تكفير كردند. سيد چون پر حرارت بود او را با وضعى ناهنجار از حضرت عبدالعظيم بيرونش راندند. مردم عوام هم به پيروى از هوچيان حرفه اى فقط به تفكير شيخ اكتفا كردند و تنى چند از روشنفكران و آزادگان هوادار شيخ بودند و كسى جرات جسارت به شيخ را نداشت .
منجم خراسانى محمد اسماعيل (متوفى 1287) عالمى فاضل بود و مخصوصا در علم هيئت يد طولائى داشته است .
نويسنده تاريخ علماى خراسان گويد: خود بنده يك سال به زمان فوت آن مرحوم مانده بود، از زبان او شنيدم كه گفت : امسال آسمان يك ثلث باران خود را نخواهد باريد و زمين يك ثلث زراعت خود را نخواهد رويانيد و سال ديگر دو ثلث باران نيايد و دو ثلث زراعت نرويد و در سال سوم چنان قحطى شود كه اكثر مردم از گرسنگى بميرند و ديگران ايشان را از خاك برنگيرند. ولى خدا را شكر كه من در آن وقت زنده نخواهم بود و خود قبل از آن واقعه به رحمت خدا پيوست . (393)