سلجوقيان را نسبت به غزنويان تيره‌وتاركند.
در سالهاي بعد، علي‌تگين كه از سوي قراخانيان در بخارا حكم مي‌راند،سلجوقيان را به اتحاد با خود فراخواند ودر جنگ با التونتاش، امير غزنوي، از آنهااستفاده كرد.
درگيري‌هاي فراواني ميان سپاه مسعود غزنوي وسلجوقيان رخ داد. در آغازغزنويان پيروز مي‌شدند؛ اما به مرور كار اين تركان صحراگرد كه از هر جهت آماده‌هجوم بودند وشهر وتختگاه ثابتي نداشتند تا تصرف شود، دشوارتر مي‌شد.مقاومت وشجاعت اين قبيل اقوام بدوي، هميشه از شهرنشينان بيش‌تر وپايدارتراست. دو فرزند ميكائيل، يكي طغرل بگ وديگر چغري بگ ونيز عمويشان موسي،عناصر فعال در رهبري اين گروه بودند.
به موازات ضعف دولت غزنوي، سلجوقيان هر لحظه سرزمين‌هاي بيش‌تري راتصرف مي‌كردند. مرو در سال 429 به دست آنان افتاد. پس از آن هرات وسپس‌نيشابور. اين شهرها كه طي يك دوره طولاني، به شهرهاي آبادي تبديل شده بود،اكنون زير پاي تركان صحراگرد، گرفتار ويراني وخرابي شده بود تا جايي كه درباره‌نيشابور آمده است: «آن ولايت‌ِ چون زلف بتان پريشان ومانند چشم خوبان خراب‌است وبه عليق چهارپايان (تركمن‌ها) فرومانده».
آخرين جنگي كه به صورت جنگي سرنوشت ساز درآمد، جنگ سلطان مسعودبا سلجوقيان در بيابان‌هاي ميانه مرو وسرخس بود. در اين درگيري، سپاه غزنوي‌شكست خورد ومسعود به نيشابور گريخت. وي حتي حاضر به اقامت در غزنه نيزنشد وبه هند رفت وچندي بعد به دست سربازانش كشته شد.
پس از اين پيروزي، دو برادر با عمو نشستند وضمن آن كه دست اتحاد بايكديگر دادند، طبق روالي كه از اميران سابق مي‌شناختند، مصمم شدند نامه‌اي به‌خليفه عباسي بنويسند واز او بخواهند تا آنها را تأييد كنند. اين نامه تحليلي ازاوضاع آن روزگار وموضع سلجوقيان دارد كه مطالعه آن جالب است. به همين دليل‌متن نامه را مي‌آوريم:
ما بندگان آل‌سلجوق گروهي بوديم همواره مطيع وهواخواه دولت وحضرت‌مقدّس نبوي وپيوسته به غزو وجهاد كوشيده‌ايم وبر زيارت كعبه معظّم مداومت‌نموده. وما را عمّي بود در ميان ما مقدّم ومحترم، اسرائيل بن سلجوق . يمين‌الدوله محمود بن سبكتگين او را بي‌جرمي وجنايتي بگرفت وبه هندوستان به‌قلعه كالنجر فرستاد وهفت سال در بند داشت تا آن جايگه سپري شد. وبسياري‌از پيوستگان وخويشان ما را به قلاع بازداشت. چون محمود درگذشت وپسرش‌مسعود بجاي او بنشست، به مصالح ملك قيام نمي‌نمود وبه لهو وتماشا مشغول‌بود... عاقبت بخت نيك روي نمود ودست بازپسين مسعود به نفس خويش بالشكري گران روي به ما نهاد... ومسعود شكسته وخاكسار وعلم نگونسار پشت‌برگاشت واقبال ودولت به ما گذاشت... شكر اين موهبت وسپاس اين نصرت راعدل وانصاف گسترديم واز راه بيداد وجور كرانه كرديم ومي‌خواهيم كه اين كاربر نهج دين وفرمان اميرالمؤمنين باشد.
طغرل مانند هر شاه ديگري كه بنيادگذار سلسله‌اي در ايران بوده، سالهاي متمادي ازعمرش را به جنگ پرداخت. زماني كه خوارزم وخراسان زير سلطه سلجوقيان‌درآمد، آنها به سوي منطقه جبال حركت كردند. پيش از آن، سرزمين خراسان ميان‌چهره‌هاي برجسته اين خاندان تقسيم شد. چغري در مرو، موسي يبغو در بست‌وهرات وسيستان وقاورد پسر بزرگ چغري به ولايت طبس ونواحي كرمان‌گماشته شدند. ابراهيم ينّال، برادر مادري طغرل به ري وسپس همدان رفت.
طغرل به سال 433 گرگان وطبرستان را به تصرف خود درآورد. پيش از آن،ابراهيم ينال، ري وهمدان را مورد تهاجم قرار داده وسپاهيانش، در همدان‌تركتازي فراواني كرده بودند.