وباعتقال قائد النهضة وممارسة القتل الوحشي بحق الجماهير في الخامس من حزيران عام 1963 م ، فان النهضة تكون قد اجهضت في الظاهر.
وفي محبسه امتنع الامام الخميني عن الرد على اسئلة ضباط التحقيق ، معلنا بوضوح وشجاعة بان الهيئة الحاكمة في ايران والقوة القضائية تفتقد باجمعها الى الرصيد القانوني والصلاحية الرسمية وفي زنزانته الانفرادية في ( معسكر عشرت اباد ) لم يفرط الامام الخميني بالفرصة التي سنحت له فراح يكثر من مطالعة كتب التاريخ المعاصر وما كتب عن الحركة الدستورية في ايران ، وبعض ما كتب عن ( جواهر للال نهرو ).
بعد اعتقال سماحته ايضا انطلقت الاصوات المعارضة الواسعة من قبل علماء الدين ومختلف طبقات الشعب ومن مختلف انحاء البلاد مطالبة باطلاق سراح قائدها . فقام جمع من العلماء الاعلام بالسفر الى طهران والاعلان عن معارضتهم لاعتقال الامام . وكان توقع اقدام النظام على تصفية الامام يثير القلق بين الجماهير ويدفعها لاظهاز رد فعل قوي . عموما فقد تعرض العلماء الذين تجمعوا في طهران لهجوم ازلام السافاك ، فتم اعتقالهم وايداعهم السجن لمدة من الزمن .
وعندما راى الملك بان انتفاضة الخامس من حزيران وجهت ضربة للاستقرار والضمانات التي اعطاها لامريكا ، حاول ان يقلل من اهمية تلك الانتفاضة ويظهر بان الاوضاع عادية وتحت سيطرته . من جانب اخر كان الغضب الجماهيري ننتيجة استمرار اعتقال الامام في تنام مضطرد ، عليه اضطر النظام في الثاني من اب 1963 م الى نقل الامام من معتقله ليوضع تحت الاقامة الجبرية في منزل تحاصره قوات الامن في ( منطقة الداودية ) في طهران ، وبمجرد اطلاع اهالي طهران على انتقال القائد ، توجهوا نحو منطقة الداودية ، ولم تمر عدة ساعات من تجمع الاهالي حتى اضطر النظام الى تفريق الجموع ومحاصرة المنزل بشكل علني بواسطة رجال الشرطة .
في مساء الثاني من اب نشرت صحف النظام خبرا مفتعلا اشارت فيه الى ابرام اتفاق بين الامام الخميني والمسؤولين في الحكومة ، ولم يكن ممكنا بالنسبة للامام الخميني الاطلاع على الخبر او تكذيبه ، غير ان العلماء الاعلام كذبوا من خلال بيانات اصدروها انئذ وقوع اي اتفاق او تفاهم بين الامام والنظام وقد تميز البيان الذي اصدره اية الله المرعشي النجفي (ره ) بحدة اللهجة والتاكيد على فضح اساليب النظام مما جعله من البيانات البالغة التاثير .
بعد ذلك تم نقل الامام مخفورا الى منزل في محلة قيطرية في طهران وبقي تحت الاقامة الجبرية هناك الى يوم اطلاق سراحه 7 نيسان 1964 م .
وفي الثلث الاول من عام 1964 تصور النظام بان الشدة التي واجه بها الجماهير في حادثة الخامس من حزيران ، قد ادت الى تنبيه الجماهير ودفعت المجاهدين الى اختيار جانب السكوت ، لذا فقد حاول النظام الايحاء بان وقائع العام الماضي قد تم نسيانها .
وفي مساء السابع من نيسان 1964 م تم - وبلا اطلاع سابق - اطلاق سراح الامام الخميني ونقله الى قم . وبمحض اطلاع الجماهير على الامر عمت مظاهر الفرح مدينة قم باسرها واقيمت الاحتفالات البهيجة في المدرسة الفيضية وسائر الاماكن ودامت عدة ايام .
ولم تمر ثلاثة ايام على اطلاق سراح الامام الخميني حتى بادر سماحته الى ابطال كافة التصورات والدعايات التي تمسك بها النظام وذلك من خلال خطابه الثوري الذي القاه فوراطلاق سراحهَ فقال سماحته : “ لا معنى للاحتفال اليوم . فما دام للشعب عمر يحياه ، فانه غارق في حزنه على مصيبة الخامس من حزيران “ . ورد على مانشرته الصحف الاجيرة هناكاذيب فقال : “ كتبوا في مقالة صحفية ان تفاهما قد حصل مع علماء الدين ،وان علماء الدين يؤيدون ثورة الملك والشعب البيضاء . اية ثورة هذه ؟ واي شعب ؟ . . . ان الخميني لن يساومهم حتى وان اعدموه . . . ولا يمكن تنفيذ الاصلاحات تحت اسنة الحراب “(49)
49 - الكوثر - شرح وقائع الثورة الإسلامية ج 1 ص 151