امام(قدس سره) همواره از وحدت حوزه و دانشگاه ياد مى كرد، رهنمود مى داد، از توطئه ها مى گفت و از سرانجام ها هشدار مى داد; از جمله مى فرمود:
1. دشمن هاى كشورهاى اسلامى، مدّت هاى طولانى سعى كردند تا بين دو قشر روحانى و دانشجو اختلاف و شكاف ايجاد كنند و كسانى كه قبله شان شرق يا غرب است تلاش مى كنند تا دانشگاه و فيضيّه با هم مرتبط نباشند.
2. دانشگاه ها در سراسر دنيا در خدمت ابرقدرت ها هستند و ما مى خواهيم كه اين چنين نباشد. اين دو مركز بايد با هم باشند و علم و عمل را به منزله دو بال بدانند. مسائلشان را با يكديگر مبادله كنند. دانشگاه را بايد رو به خدا و معنويّت ببريد و همه درس ها هم خوانده بشود.
مسلمانان همواره در انواع دانش، سرآمد زمانه بوده اند، حتّى به قول «گوستاولوبون» انديشمند شهير فرانسوى، كتاب هاى مسلمانان در رشته هاى مختلف تخصّصى، حدود پانصدسال متن درسى دانشگاه هاى اروپا بوده است. وجود «خواجه نصيرالدّين طوسى»ها، «ابن سينا»ها، «زكريّاى رازى»ها و هزاران انديشمند ديگر كه از دامن قرآن برخاسته اند، گواه براين مدّعا است.
قابل ذكر است كه دانش در عرصه ديانت بهتر مى تواند به وظيفه واقعى خود كه همان سعادت آفرينى و حمايت از بشر است عمل كند و بديهى است كه دانشمند ناپرهيزگار از هر موجودى خطرناك تر است و به همين دليل سوره «علق» با يادآورى دو خصيصه «دانش» و «دين» آغاز شده است; قرائت، سمبل علم آموزى است كه با نام «ربّ» همراه است: (اقرأ بسم ربّك الذّى خلق)