او و برادرش ابراهيم در ايام بنى عباس مخفى مى زيستند و خود را براى قيام بر ضد عباسيان آماده مى ساختند. محمد در سال 145 هجرى خروج كرد و به اتفاق دويست و پنجاه نفر در ماه رجب داخل مدينه شد و صدا به تكبير بلند كردند و رو به زندان منصور آوردند و در زندان را شكستند و محبوسين را بيرون كردند و ''رياح بن عثمان'' زندانبان منصور را بگرفتند و حبس كردند. آنگاه محمد بر فراز منبر شد و خطبه بخواند و مقدارى از مثالب و مطاعن و خبث سيرت منصور را تذكر داد. مردمان از ''مالك بن انس'' استفتا كردند كه با آنكه بيعت منصور در گردن ما است، مى توانيم با محمد بيعت كنيم؟ ''مالك'' فتوا داد: ''آرى، چون بيعت شما با منصور از روى كراهت بوده است''. پس مردم به بيعت محمد شتاب كردند و او بر مدينه و مكه و يمن استيلا يافت. چون ابوجعفر منصور از ماجرا آگاه شد، امان نامه اى براى محمد فرستاد و از او خواست تا از در صلح درآيد. محمد جوابى كوبنده بدو نوشت و امانش را رد كرد. منصور ''عيسى بن موسى برادرزاده و وليعهد خود را به همراه چهار هزار سوار و دو هزار پياده به دفع محمد فرستاد ''عيسى'' مدينه را محاصره كرد. هنگام محاصره ى مدينه محمد اسامى كسانى را كه با او بيعت كرده بودند، بسوزاند. آنگاه گفت: ''اكنون مرگ بر من گواراست'' و اگر اين كار نكرده بود، بى گمان مردم در بلايى عظيم گرفتار مى شدند. ''عيسى'' بر بالاى كوه ''سلع'' با نداى بلند براى محمد امان فرستاد.
ولى محمد گفت: ''شما را وفايى نيست و مردن به عزت، به از زندگى به ذلت''. در اين وقت لشكر محمد از گرد او پراكنده شده بودند و از صد هزار نفر كه با او بيعت كرده بودند، سيصد و شانزده نفر با او بودند. محمد و يارانش غسل كردند و حنوط بر خود پاشيدند و ستوران خود را پى نمودند و حمله كردند و سه بار لشكر بنى عباس را شكست دادند.بالاخره لشكر عيسى همه ى توان خود را به كار گرفتند و يكباره حمله كردند و در نبردى سخت همه ى آنان را به شهادت رساندند و سر محمد را به نزد منصور فرستادند. منصور فرمان داد تا سر محمد را در كوفه نصب كنند و در شهرها بگردانند. مقتل او در اواسط ماه رمضان سال 145 هجرى واقع شد و در دوران قيام او تا وقت شهادتش دو ماه و هفده روز بود و سن مباركش در زمان شهادت به چهل و پنج رسيده بود. ''ابوالفرج اصفهانى'' در ''مقاتل الطالبين'' شمارى از بزرگان فقها و علما را نام برده است كه همراه محمد خروج كردند و اين بيانگر جايگا قيام اوست. ر. ك: ابوعمر و خليفه بن خياط بن ابى هبيره الليثى العصفرى، تاريخ خليفه بن خياط، راجعه و ضبطه و وثقه و وضع حواشيه و فهرسه مصطفى نجيب فواز، حكمت كشلى فواز، الطبعه الاولى، دارالكتب العلميه، بيروت، 1415ق. ص 276، انساب الاشراف، ج 3، صص 339 -319، تاريخ اليعقوبى، ج 2، صص 376 -374، تاريخ الطبرى، ج 7، صص 609 -552، مروج الذهب، ج 3، صص 296 -294:التنبيه و الاشراف 7 ص 295: مقاتل الطالبيين، صص 262 -206: الكامل فى التاريخ، ج 5، صص 555 -529، شرح ابن ابى الحديد، ج 3، صص 308 -307، تاريخ الذهبى، ج 9، صص 31 -22، ابوالفداء اسماعيل ابن عمر بن كثير الدمشقى، البدايه و النهايه، تحقيق على شيرى، الطبعه الاولى، دار احياء التراث العربى، بيروت، 1408 ق. ج 10، صص 93 - 89، عمده الطالب، صص 126 -124، شيخ عباس قمى، متهى الامال، انتشارات جاويدان، تهران، ج 1، صص 335 -333، ادبيات انقلاب در شيعه، ج 2، صص 83 -81. ] و ابراهيم [ ابراهيم بن عبدالله بن حسن بن حسن بن على بن ابى طالب "ع" مشهور به ''قتيل باخمرا'' برادر ''نفس زكيه'' است كهدر غره ماه شوال و به قولى رمضان سال 145 هجرى به منظور براندازى عباسيان در بصره خروج كرد و جماعتى بسيار از مردم فارس و اهواز و جز آن و جمعى كثير از زيديه و معتزله ى بغداد و غير ايشان با او بيعت كردند و از طالبيين ''عيسى بن زيد بن على بن الحسين "ع"'' نيز همراه او بود. مردم با ميل و رغبت با او بيعت كردند و او بر بصره و توابع آن مسلط شد.