در واقعه تنباكو رهبرى نهضت در تهران به عهده ميرزاى آشتيانى بود.
وى با شاه و صدر اعظم به گفت و گو پرداخت و زيانهاى ناشى از اعطاى امتياز رابر شمرد.
امّا آنان وقعى به اين سخنان ننهادند و به راه خويش ادامه دادند. پس از اين اتمام حجّت مخالفت از سوى وى و ديگر علما و مردم مؤمن شروع شد. به همّت و پشتكار دارى اينان نهضت پا گرفت و مردم متشكل شدند و زمينه براى حركت نهايى آماده شد. علماى تهران به رهبرى آشتيانى وقتى چنين ديدند از ميرزاى بزرگ خواستند حكم خويش را ابلاغ كند36. ميرزا با مطالعه همه جانبه قضيه و مكاتبات فراوان با ناصر الدين شاه فتواى تاريخى خود را صادر كرد و آن را براى ميرزاى آشتيانى ارسال داشت.
خيلى سريع مردم از متن فتوا اطلاع يافتند. هيجان عظيمى مردم ايران را فرا گرفته بود. فتواى آقا در عمق جانها اثر گذارد. نه تنها متدينان و پايبندان به دين كه افراد بى قيد نيز بر عمل به اين فتوا پاى مى فشردند.
امين السلطان صدر اعظم و نايب السلطنه حاكم تهران به مأمورين دستور داده بودند كه با تمام توان از نشر فتوا جلو بگيرند. آنان نيز چنين كردند. مردم را در تنگنا افكندند ولى طرفى نبستند كه در برابر اين سيل عظيم و خروشان خَسى بيش نبودند.
شايع كردند كه فتوا جعلى است. باهوشيارى علما و آگاهى مردم اين توطئه نيز خنثى شد و...
مشهور است كه در نصف روز صد هزار نسخه از حكم ميرزا نوشته شد و نشر يافت. مردم انتشار حكم را وظيفه شرعى خود مى دانستند. كسانى كه با سواد بودند هر چند نسخه كه مى توانستند مى نوشتند و بى سوادها با پولى كه به ميرزا بنويس مى دادند در تكثير فتوا سهيم مى شدند37.
امين السلطان كه در اين قرار داد رشوه هاى كلانى گرفته بود به پيشنهاد وزير مختار انگليس از ناصرالدين شاه خواست كه ميرزاحسن آشتيانى را تبعيد كند.
شاه از اين كار هراس داشت. در عين حال با اصرار امين السلطان تن به چنين كارى داد و حكم كرد:
(يا بايد در مجامع عمومى به منبر رفته و قليان بكشد يا اين كه از تهران خارج شود.)
اين دستور توسط عبداللّه خان والى روز يك شنبه دوّم جمادى الثانى 1309 هـ . ق . به ميرزاى آشتيانى ابلاغ مى شود. عبداللّه خان در مقام اجراى حكم شاه بر مى آيد و به ميرزا مى گويد:
(حتماً بايد قليان بكشيد).
آقا سيد محمد رضا طباطبايى كه در آن جا حضور داشته بر افروخته مى شود و خشمگينانه مى گويد:
(تو و نايب السلطنه غلط كرديد ...)
ميرزا در پاسخ والى گفت:
(نقص حكم حجة الاسلام ميرزا از هيچ رو برايم ممكن نيست ولى ازتهران مى روم. امروز مهلت دهيد تا وسيله حركت را فراهم كنم.
فردا [روز دو شنبه] البته خواهم رفت.38)
ميرزاى آشتيانى با اين كه خود مجتهد مسلم است به هيچ وجه حاضر نمى شود حكم ميرزا رانقص كند و تبعيد را مى پذيرد. برخلاف عده معدودى كه به بهانه اين كه ما مقلد ايشان نيستيم و خود مجتهديم ازاجراى فرمان ميرزا سر بازمى زدند ميرزاى آشتيانى مخالفت با حكم ميرزا را جايز ندانست و از آن حكم حمايت كرد تا به نتيجه مطلوب رسيد.
امام پيروى علماى تهران و ديگر شهرهاى ايران را از جمله علتهاى موفقيت نهضت تنباكو مى داند و از ميرزاى آشتيانى به عنوان كسى كه مهم ترين نقش را در اين حركت الهى داشت ياد مى كند.
(يكى قضيه تنباكوست كه همه مطلع هستيد ميرزاى شيرازى بزرگ رضوان اللّه عليه امر فرمود و علماى ايران علماى بلاد ايران ... كه در رأس آنان ميرزاى آشتيانى بود در تهران اجرا كردند اين مطلب راو دولت ساقط شده ايران را زنده كردند.)39
يا مى گويد:
(قضيه تنباكو ابتدايش از روحانيون ايران و عراق از مرحوم ميرزا فتوا بود و از علماى تهران قيام و عمل. البته مردم هم به اينها علاقه داشتند و دنبال اينها را مى گرفتند و كارها را انجام مى دادند.40)
اين همبستگى و همدلى و همراهى سدها را شكست و نگذاشت فتواى ميرزا كه حكم اسلام بود به زمين بماند.