شيخ فضلاللّه براى دفاع از اسلام، احساس وظيفه و تكليف شرعى مىكند كه چون قدرت دست شاه است و شايد او بتواند اسلام را حفظ كند و جلو تفكّرات ضدّ دينى را بگيرد، به شاه نامه مىنويسد تا وى اقدامى در اين جهت صورت دهد.
يك سال پس از به توپ بستن مجلس و انحلال مشروطه، بسيارى از مشروطهخواهان و روشنفكران غربگرا از مخالفتهاى شيخ خشمگين شدند تا جايى كه با كمك سفارتخانه انگلستان طرح قتل شيخ فضلاللّه را پىريختند و به وسيله «كريم دواتگر» اجرا كردند؛(72) امّا شيخ مجروح شد كه «سابلين» آن را بىدرنگ به روسيّه مخابره كرده، مىگويد:
سوء قصدى به جان شيخ فضلاللّه بنيادگرا كه معروف حضور وزير امپراتورى مىباشد، انجام گرفته است. وى بهطور بىخطرى زخمى شده است.(73)
آشوبهاى پياپى مشروطهخواهان، سيزده ماه بهطول انجاميد. آنان به شدت فعّاليتهاى مشروطهخواهى خود در شهرهاى بزرگ را ادامه مىدادند. در تاريخ 17 ذىقعده 1326 سفيران انگليس و روس به ملاقات محمّدعلى شاه رفته، اصرار كردند كه مجلس دوباره تشكيل شود.(74) در اين موقعيّت كه طرح مشترك روس و انگليس نزديك به انجام بود، شيخ فضلاللّه، مخالفت خود را با بازگشت مشروطه اعلان كرد.
فشارها و تهديدهاى سياسى روسيّه و انگلستان بر محمّدعلى شاه در استقرار مشروطه و فشارهاى داخلى مبنى بر مشروطهخواهى، بر شدّت زد و خوردها افزود تا اينكه محمّدعلى شاه در 14 ربيع الثانى سال 1327 دستخطى درخصوص تشكيل مجلس و مشروطه صادر كرد:
چون براى تهيّه ضروريّات مملكت و تدارك حوايج ملّت تنظيم و ترتيب ادارههاى دولتى شرط اوّل است ... لهذا براى ترتيب و تنظيم ادارات دولتى، اصول مشروطيّت را كه در تأمين آسايش حال رعيّت و ترتيب امورات دولت و مملكت بهترين اساس است، از تاريخ امروز كه 14 ربيع الثانى 1327 است به ميمنت و سعادت در مملكت ايران برقرار فرموديم.(75)
سرانجام در 26 جمادى الثانى 1327، سردار اسعد و سپهدار تنكابنى از اصفهان و گيلان به رشت و قزوين و سپس به تهران وارد شدند و اين شهر را فتح كردند.(76) فاتحان تهران دو آريستوكرات و خدمتگزار انگليس و روس بودند. عليقلى خان سردار اسعد بختيارى، از سالها پيش از انقلاب مشروطه با انگليسىها پيوند دوستى داشته؛ به طورىكه هاردينگ او را از بهترين و وفادارترين دوستان انگليس در ايران به شمار آورده است.(77)
پس از فتح تهران، محمّدعلى شاه دست خود را از سلطنت كوتاه ديد و همراه عدّهاى به سفارت روس پناهنده شد. اين پناهندگى علامت آن بود كه وى استعفا كرده است.(78)
در 27 جمادى الثانى 1327، مجلس عالى تشكيل شد و محمّدعلى شاه را از سلطنت خلع و به جاى او پسرش، احمد ميرزا، را كه يازده سال داشت به مقام پادشاهى برگزيدند؛ امّا تا رسيدن وى به سنّ قانونى، عليرضاخان عضدالملك را نايب سلطنت قرار دادند. به دنبال آن، يبرمخان ارمنى در جايگاه فرمانده نظميه منسوب شد.(79)