پس از حاكم شدن مشروطهخواهان در تهران، آنان با دو گروه به شدّت برخورد كردند: گروه اوّل، مستبدّان؛ يعنى محمّدعلى شاه و طرفدارانش، و گروه دوم، مشروعهخواهان؛ يعنى شيخ فضلاللّه و يارانش؛ امّا برخورد آنان با مستبدان به علّت مخالفت كردن با آزادى و مجلس بود، و برخورد با مشروعهخواهان بدين سبب بود كه آنان مشروطه را مخالف شريعت مىدانستند.(80) محمّدعلى شاه، پس از پناهنده شدن به سفارت روس، راهى روسيه شد و در آنجا اقامت گزيد؛(81) امّا مخالفان، اطراف خانه شيخ فضلاللّه را گرفتند و او را در ضلع شرقى عمارت نظميّه در داخل اتاقى حبس نمودند.(82) سعدالدوله پيش از حبس، براى شيخ فضلاللّه پيغام فرستاد كه جان شما در خطر است و خوب است به يكى از سفارتخانهها پناه ببريد؛ امّا شيخ پاسخ داد: مقام روحانى من اجازه اقدام به اين عمل را نمىدهد.(83) اعظامالوزاره در خاطرات خود مىنويسد: در سفارت روس، يك نفر شيخ را دعوت به پناهندگى كرد؛ امّا وىجواب داد: مسلمان نبايد پناهنده كفر شود. بعد آن شخص گفت: اگر حاضر نمىشويد، لااقل پرچم روس را بالاى درب خانه نصب نماييد كه شيخ فضلاللّه جواب داد: اسلام زير بيرق كفر نخواهد رفت.(84) همچنين شيخ به فرد ديگرى كه از طرف دولت عثمانى پيغام آورد كه به كشور عثمانى مسلمان تشريف بياوريد، پاسخ داد: من از علىبن ابىطالب عليهالسلام بدى نديدهام كه به عمر پناهنده شوم. بر فرض مرا نكشند و بمانم در دنيا دو سه خروار گندم هم خوردم، آخرش كه چه؟ وقتى كه انسان قرار است بميرد، چه بهتر كه شرافتمندانه بميرد. سرانجام شيخ را در روز 13 رجب به شهادت رساندند. يك يا دو ماه پس از اعدام شيخ فضلاللّه، مردم متوجّه شدند كه چه اشتباه بزرگى كردهاند. نه تنها از آزادى خبرى نشد، بلكه استبدادى حاكم گرديد كه از استبداد محمّدعلى شاه بدتر، و آن استبداد مشروطه بود. طولى نكشيد كه مشروطهخواهان سيّدعبداللّه بهبهانى را ترور كردند. پس از روشن شدن مفاهيم و واژههاى مشترك منتشر شده از سوى منوّرالفكران، آخوند خراسانى عزم مسافرت به ايران كرد و بر آن شد تا از نزديك با توطئهگران مشروطهخواه درستيزد. افسوس كه دستهاى مشكوكى ارتباط عالمان نجف را با حقيقت قضايا بريده و همان شبانه او را مسموم ساختند. عالمان ديگرى هم مانند ملاّ قربانعلى زنجانى و ملاّ محمد خمامى رشتى جان مىسپارند و به دنبال آن در سالهاى بعد، مدرّسها و خيابانىها لگدكوب ايادى استعمار شدند و ميرزاى نائينى نيز نسخههاى كتاب «تنبيهالامه» خويش را در سالهاى آخر عمر در نجف جمعآورى كرد و سيّدمحمّد طباطبائى متنبّه و افسرده و نگران بود كه خدا در روز قيامت با او چه معاملهاى خواهد كرد.(85)