عمده‏ترين مخالفت شيخ فضل‏اللّه بر محورهاى ذيل استوار است: - شیخ فضل الله نوری، هویت و نظریه نسخه متنی

مبانى نظرى عالمان شيعه به گونه‏اى است كه آنان پس از اصلاح جامعه و حاكميّت ارزش‏هاى اسلامى، خواهان نظم و ثبات اجتماعى بوده‏اند و اگر هم با بحران مواجه مى‏شوند، براى رسيدن به نظام اجتماعى با ثبات و مقتدرى است كه كنش‏گران را به تجهيز هنجارها و ارزش‏هاى دينى اسلامى بر مى‏انگيزانند؛ به اين اميد كه شايد جامعه در افق‏هاى آتى خود به سمت اصلاح، نظم و ثبات اجتماعى و سياسى حركت كند.

عمده‏ترين مخالفت شيخ فضل‏اللّه بر محورهاى ذيل استوار است:

1. جدايى نبوّت و حكومت (دين و سياست)؛

2. تأسيس قانون جدا از شريعت اسلامى؛

3. عدم نظارت فقيهان؛

4. مساوات‏خواهى؛

5. آزادى مطلق؛

6. مجلس ملّى.

شيخ فضل‏اللّه، نبوّت و حكومت (دين و سياست) را با هم مرتبط مى‏دانست. وى معتقد بود: حكومت‏هايى كه مدّعى جدايى سياست از شريعت هستند، طبق تمايلات خود قانون وضع مى‏كنند؛ در حالى‏كه در حكومت‏هاى دينى كه از شريعت اسلامى برگرفته است، بايد قوانين الهى اجرا شود و به تأسيس قانون در برابر شريعت نيازى نداريم؛ افزون بر اين، او معتقد بود: جهت مطابقت داشتن قوانين مصوَّب با شريعت، لازم است مجتهدان عادل بر آن‏ها نظارت داشته باشند.

شيخ فضل‏اللّه در جنبه‏هاى مثبت و اوّليّه مشروطه و عمل به قانون، با گروه‏هاى ديگر موافقت مى‏كرد؛ امّا مخالفت او با مسأله قانون در مرحله‏اى صورت گرفت كه بنا بود قوانين غيرالهى و غربى تأسيس شود. وى اعتقاد داشت شريعت مطهّر و دين اسلام ـ طبق مبانى و مآخذ اسلامى ـ بين انسان‏ها تفاوت قائل شده و ميان فرقه‏هاى ضالّه و طايفه اماميّه، حقوق مساوى در نظر نگرفته است، و در مكتب اسلام نبايد كافران بر مسلمانان مسلّط شوند. بنابراين نمى‏توان در جامعه اسلامى بين ارمنى، زردتشتى، بابيه و مسلمان تفاوت قائل نشد.

غرب‏زدگان معتقد بودند كه آزادى بيان، قلم، انتخاب و مطبوعات، بايد در جامعه ايران تحقّق يابد و مقصودشان از آزادى هم، آزادى مطلق و بى‏قيد بوده كه شيخ فضل‏اللّه با آنان مخالفت كرد و مى‏گفت: اين نوع آزادى با ادلّه شرعى اسلامى سازگارى ندارد؛ چون انتشار كلمات كفرآميز، دشنام به مؤمنان، القاى شبهات در قلوب مؤمنان، اشاعه فحشا، گمراه كردن مسلمانان، انتشار كتب ضالّه و انتشار هرزگى در حقّ مسلمانان، حرام و ممنوع است.

مشروطه‏خواهان غرب‏گرا به دنبال تشكيل پارلمان و مجلس شوراى ملّى بودند. شيخ فضل‏اللّه، ابتدا با تشكيل مجلس مخالفتى نداشت؛ امّا بعدها متوجّه شد كه در مجلس، قانون‏هاى بيگانگان ترجمه و تصويب مى‏شود؛ بدين سبب به مخالفت برخاست. او مشروطه را پذيرفت؛ امّا در نوع حكومت كه آيا مشروطه اسلامى باشد يا مشروطه غربى، اختلاف داشت. بنابراين، شيخ فضل‏اللّه در مراحل اوّليّه نهضت مشروطه در استبدادستيزى، برقرارى قانون و عدالت با گروه‏هاى ديگر هم‏گام بود؛ امّا در مراحل بعدى به علّت انحراف مشروطه، خواهان اصلاح آن شد و مدّعى بود كه بايد لفظ مشروعه در كنار مشروطه قرار گيرد، وگرنه مشروطه غربى، با مبانى اسلامى سازگارى ندارد؛ امّا فضاى احساسى و مشروطه‏خواهى غربى آن عصر، مسافت زياد ايران و نجف، دخالت بيگانگان در كانال‏هاى ارتباطى و روشن نبودن مفاهيمى كه در فضاى سياسى جامعه آن روز ايران منتشر مى‏شد، به همراه نفوذ شديد غيرمذهبى‏ها در پيكره نهضت و تغيير مسير حركت آن، باعث شد كه شيخ فضل‏اللّه را ضدّ مشروطه و مستبد معرّفى كرده، او را به دار آويزند؛ آن‏گونه كه سيّد عبداللّه بهبهانى را ترور كردند و عالمان ديگر هم به طرز نامعلومى به سراى ديگر شتافتند.