شيخ در جريان مشروطه داراى سه موضع بوده است: در موضع اول، مشروطهخواه، اما نه مشروطه سكولار موضع دوم، مشروطه مشروعه؛ و در موضع سوم، مخالف مشروطه. در ابتدا كه بحث مشروطه و استبداد مطرح بود و محورهاى بحث بر عدالت، آزادى، پارلمان و قانون قرار داشت، شيخ فضلاللّه نورى نيز مانند ساير روشنفكران، بر جنبههاى مثبت و اوّليّه مشروطه (همانند عمل به قانون) تأكيد مىكرد و لزوم تحوّل اجتماعى و سست بودن پايههاى سلطنت را قبول داشت.(38) بنابراين شيخ فضلاللّه در موضع اول، مشروطهخواه است؛ اما مشروطه ضد سكولار. عدالتخانه در جايگاه مجلس شوراى اسلامى تشكيل و سپس مجلس شوراى ملى تأسيس و ايران در عمل داراى نظام پارلمانى و مشروطه شد و رژيم استبداد از بين رفت. سخن شيخ فضلاللّه نورى در موضع دوم بر سر اين بود كه آيا اين قانون بايد از خارج بيايد يا بايد آن چه مردم قبول دارند كه از شريعت آنان برگرفته است، مطرح شود. در اين جا بود كه نظريه مشروطه مشروعه را مطرح كرد. وى در كتاب «تذكرة الغافل و ارشاد الجاهل» مىگويد: به عرض برادران دينى و اخلاء روحانى مىرساند كه اگر چه حفظ نظام عالم محتاج به قانون است و هر ملتى كه تحت قانون داخل شدند و بر طبق آن عمل نمودند، امور آنها با استعداد قابليت قانونشان منظم شد؛ ولى بر عامه متديّنين معلوم است كه بهترين قوانين، قانون الهى است و اين مطلب از براى مسلم بىدليل نيست و بحمداللّه ما طايفه اماميه بهتر و كاملترين قوانين الهيه را در دست داريم؛ چون اين قانونى است كه وحى فرموده او را خداوند عالم به سوى اشرف رُسُلش و خاتم انبيايش.(39)
2. شيخ فضلاللّه و مساوات
شيخ درباره مساوات معتقد است كه بايد هر چه را اسلام مساوى دانسته است، پذيرفت و براى آنچه شريعت اسلامى تساوى قائل نشده، نبايد قانون جعل شود. در «تذكرة الغافل» مىنويسد: قوام اسلام به عبوديّت است، نه به آزادى، و بناى احكام آن، به تفريق و جمع مختلفات است، نه به مساوات؛ پس به حكم اسلام بايد ملاحظه نمود كه در قانون الهى هر كه را با هر كس مساوى داشته، ما هم مساوىشان بدانيم و هر صنفى را مخالف با هر صنفى فرموده، ما هم به اختلاف با آنها رفتار كنيم تا آن كه در مفاسد دينى و دنيوى واقع نشويم. مگر نمىدانى كه لازمه مساوات در حقوق، از جمله آن است كه فرق ضالّه و مضلّه و طايفه اماميه نهج واحد محترم باشند، و حال آنكه حكم ضال، يعنى مرتد به قانون الهى آن است كه قتلشان واجب است.(40)