برخى گمان مىكنند شيخ فضلاللّه از آن دسته نخبگان مذهبى به شمار مىرود كه با استبداد موافق بوده است. از نظر آنان وجود نامههايى از شيخ به محمدعلى شاه و برخى فعاليتهاى او در زمان استبداد صغير، شاهد بر اين مطلب مىباشند. مرور حوادثى كه در آن ايام در تهران در حال وقوع بود، مىتواند واقعيت را توضيح دهد. انگلستان پس از واقعه 23 جمادى الاول 1326 كه لياخوف مجلس را به توپ بست، درصدد برآمد با همكارى رقيبان روسى خود، محمّدعلى شاه را تحت فشار قرار دهد تا به تشكيل دوباره مجلس اقدام كند. محّمدعلى شاه نيز تحت فشار دو سفارت در 27 شعبان 1326 فرمانى خطاب به صدراعظم صادر كرد كه «ما به جناب شما اخطار مىنماييم كه مجلسى با شروط معيّن و محدود موافق مقتضيات مملكتى ... منعقد خواهيم نمود ... و الحال ما حكم مىكنيم كه شما انتخابى و قانون مملكتى موافق شرع ترتيب داده، براى غرّه ماه شوال حاضر نماييد ... به همه اعلان مىشود تا مدّتى كه نظم در تبريز برقرار نگرديده، ياغيان قلع و قمع نشوند ... از حكم اين دستخط خارج خواهد بود».(49) فرمان دوباره مشروطه و تشكيل مجلس به دنبال دخالت سفارتخانههاى روس و انگليس در ايران و اصرار آنها به شاه، شيخ فضلاللّه را بر آن داشت تا با همكارى عالمان ديگر به مخالفت با «مجلس تحميلى» بپردازد كه نامه وى با عالمان ديگر، سند گوياى اين مخالفت است.(50) اينكه شيخ فضلاللّه دست به دامن محمّدعلى شاه مىشود و از او مىخواهد كه دوباره مجلسى تشكيل نشود، به سبب اين نيست كه او در جايگاه عالم اسلامى، در كنار تفّكر ضدّ دينى استبداد قرار داشته باشد، و نيز نمىتوان نتيجه گرفت كه آن دو گروه در كنار هم قرار دارند؛ زيرا شيخ فضلاللّه از زاويه بدعت و انحراف، با مشروطه مخالفت مىكرد؛ امّا مستبدّان از زاويه مجلس و آزادى، مخالف مشروطه بودند.