د هر چند در كتابهاى اصولى, مانند: قوانين, حاشيه شيخ بر استصحاب قوانين, شرحهاى رسائل: اوثق الرسائل و بحرالفوائد, به پيروى از كفاية الاصول در نهاية الدراية, حقائق الاصول حاشيه مشكينى و بحوث شهيد صدر, مطرح شده كه محقق خوانسارى, با پديد آوردن نظريه جديدى در باب حجت بودن ظن در مرحله برداشته شدن و فرو افتادن تكليف از عهده و بسنده كردن به فرمانبرى از روى گمان, با مشهور مخالفت ورزيده است; لكن با توجّه به مطالب گذشته, روشن شد كه در اين باره, خوانسارى با مشهور هيچ گونه مخالفتى ندارد و همان رأى و عقيده مشهور را پذيرفته و نسبت چنين مطلبى به او ناتمام است و منشأ اين نسبت, بى توجهى به همه فرازهاى سخن ايشان در شرح دروس در اين باب و در نظر نگرفتن مبناى ايشان است.
ييادآورى: امتثال ظنى كه در بحث قطع و در بحث براءت كفايه و رسائل و ديگر كتابهاى اصولى مطرح شده, مقصود ظن معتبر است, يا به عنوان ظن خاص, با ظن مطلق و اما مطلق ظن, در هيچ بابى اعتبار ندارد.
(ان الظنّ الغير المعتبر حكمه حكم الشك.)
الرسائل 309/
2. شبهه حكميه وجوبيّه ناشى از نبود نص:
مشهور اصوليان, در مورد شبهه حكميه وجوبيه كه ناشى از نبود نص باشد, در فرض دوران امر بين متباينين به واجب بودن عقلى احتياط باور دارند.
در مثل, در فرضى كه اصل واجب بودن نمازى در روز جمعه يقينى باشد, لكن آن نماز واجب مردد باشد كه آيا ظهر است يا جمعه و يا آن كه در جايى مردد باشد كه بايد نماز را شكسته بخواند يا تمام.
مشهور علما نظر به واجب بودن سازوارى قطعى و حرام بودن ناسازوارى قطعى دارند و مى گويند در يك چنين موردى, به حكم عقل, احتياط واجب است و در نتيجه, هر دو نماز بايد گزارده شود, يكى به عنوان ظهر و ديگرى به عنوان جمعه و ترك يكى, مانند ترك هر دو, حرام است.
شيخ انصارى در اين مسأله, ناسازوارى با مشهور را به محقق خوانسارى و ميرزاى قمى نسبت داده است: محقق خوانسارى, هر چند همانند مشهور فقيهان, ناسازوارى قطعى را حرام مى داند, لكن سازوارى قطعى را واجب نمى دانند, بلكه سازوارى احتمالى را كه ناگزير, مساوى است با ناسازوارى احتمالى, كافى مى دانند و مكلّف را در چنين مواردى, گزين گر مى داند بين انجام بعضى از اطراف و ترك بعضى از اطراف ديگر.