از آقا محمد جعفر دهاقانى خادم مدرسه صدر در مسئله فوت خان منقول است كه :
بيمارى ايشان در كبد بود ، ميرزا مسيح خان دكترش بود ، وقتى خان بيماريش شديد شد ، من رفتم دنبال دكتر ميرزا مسيح خان ، گفت : شما چه نسبتى با خان داريد ؟ گفتم :
خادمش هستم ، دكتر گفت : من نمىآيم ، خان آدم كوچكى نيست ، من براى عيادت مىآيم . آمدم جريان را براى خان گفتم ، خان فهميد گفت : برو بگو براى عيادتم بيايد ، آن گاه طبيب به خدمتش آمد ، خان تبسم كرد و به او گفت : هر چه تو مىدانى من هم مىدانم من چاق شدنى نيستم .
ميرزا مسيح خان رفت ، دكتر شافتر خارجى را آورد ، دكتر شافتر نسخه نوشت ، دواهاى نسخه را از مريضخانه انگليسىها تهيه كرديم ، ولى خان آنها را نخورد ! !
سه چهار ساعت از شب گذشته بود كه خان گفت رختخواب را رو به قبله كنيد ، سپس يك ليوان آب خورد و پس از خوردن آن به ذكر حق مشغول شد و چند لحظه بعد از دام تن و دنيا خلاص شد .
تمام علما در آن شب حاضر شدند ، جماعت انبوهى آمده بودند ، تشييع مفصلى از او شد و آيت اللّه آقا نجفى بر او نماز گذارد و در تكيه ترك دفنش كردند رحمة اللّه عليه رحمة واسعة .
مؤلف كتاب « تاريخ حكما و عرفاى متأخر صدر المتألهين » نزديك به پنجاه و دو نفر از شاگردان خان را نام مىبرد كه هر يك از اعاظم مراجع تقليد و حكما و عرفا و فلاسفه الهى بوده و هر كدام منشأ آثار و بركات عظيمى در پيشبرد فرهنگ الهى و نبوت انبيا و امامت امامان عليهمالسلام بودند[381] .
اين مرد بزرگ از حكما و اولياى الهى بود ، سالها در نجف اشرف مدرسه آقا سيد كاظم يزدى اقامت داشت و براى عاشقان علم ، حكمت الهى و فلسفه و معقول مىگفت ، قسمتى از حالات آن بزرگ مرد الهى را از زبان شاگرد حكيمش آقاى محمد تقى جعفرى عنايت كنيد :