امام خمينى كه به خوبى از توطئه هاى رژيم انگليسى عراق براى حوزه هزار ساله نجف آگاهى داشت و از سكوت برخى از مقامات روحانى قم و نجف به شدّت رنج مى برد طيّ نطقى به مناسبت فرا رسيدن ماه رمضان و تعطيلى درسهاى حوزه نجف به عموم روحانيان هشدار داد و آينده سياهى را كه براى حوزه نجف در پيش بود به آنان گوشزد كرد و همه حوزويان را به پيش گيرى پايدارى آمادگى و خودسازى و عكس العمل مناسب فراخواند:
(حوزه ها خودشان را آماده كنند براى جلوگيرى و مقاومت. شما روزهاى سياهى را در پيش داريد…. اينها خوابهاى خيلى عميق براى شما ديده اند…. شما موظفيد كه مجهّز شويد و در مقابل بايستيد. اگر مجهّز نشويد و ايستادگى نكنيد هم خودتان به فنا مى رويد و هم احكام اسلام و شما مسؤول خواهيد بود23.)
رژيم عراق كه به سبب بدرفتارى و بيرون راندن غيرقانونى ايرانيان بويژه عالمان دين سبب بدنامى و رسوايى خويش در ميان مسلمانان شده بود بر آن شد كه با شايعه سازى و ايجاد رعب و وحشت روحانيان را وادارد كه در ظاهر با اختيار خود عراق را ترك كنند.
امام خمينى با آگاهى از اين توطئه مسافرت روحانيان را به ايران به كلّى منع كرد و از هرگونه كمك نسبت به كسانى كه بدون توجّه به شرايط حساس آن روز حوزه نجف مى خواستند به ايران باز گردند خوددارى مى ورزيد و در برابر آن به منظور تشويق به مقاومت و حفظ حوزه نجف بر شهريه آنان مى افزود24.
با اين همه حوزه نجف از درون نجوشيد و دچار ركود شد و حزب بعث يكته تاز ميدان شد.
به اميد آن كه كاخ ظلم فروريزد و حركت روحانيان بيدار عراق پا بگيرد و حوزه مقدس نجف حركت علمى و بيدارگرانه خود را دوباره بياغازد.
فلسفه وجودى روحانيت و حوزه هاى علميه در دوره غيبت تداوم راه انبياست.
شناخت تبيين و تبليغ دين پاسخ گويى به پرسشها و مشكلات فكرى و در نهايت پياده كردن تعاليم حيات بخش اسلام بر عهده حوزه هاى علميه و روحانيت است.
انجام اين وظيفه ها در همه زمانها يكسان نيستند. در گذشته حوزه ها با شمار اندكى از انسانها و با نيازهايى بسته و محدود رو به رو بودند; اما امروز با تحقق انقلاب اسلامى و فراهم آمدن زمينه حاكميت قوانين الهى و روى آوردن نسلها به شناخت راستين اسلام وپذيرش آن پديد آمدن امكانات عظيم مادّى و معنوى مسؤوليت حوزه ها سنگين تر و حساس تر از گذشته شده و قلمرو فعاليتهايش به مراتب گسترده تر شده است.
امروزه سرنوشت اسلام و حاكميّت ارزشهاى الهى و به پيروى آن حوزه هاى علميه به گونه اى با عملكرد و كارآيى حوزه ها و روحانيت گره خورده است.
حوزه ها در دنياى امروز اگر از رسالت خود به شايستگى پاس دارند و وظايف خود را به خوبى انجام دهند در راستاى حفظ حوزه گام برداشته اند; اما اگر در انجام رسالت و وظايف خود كوتاهى ورزند و غفلت كنند بى گمان دير يا زود اعتبار و وجاهت خود را از دست خواهند داد و راه زوال و افول را در پيش خواهند گرفت.
حوزه اگر بخواهد هماهنگ با نيازهاى راستين جامعه و جهان و همپاى با مسؤوليتهاى گسترده و سنگين خود گام بردارد و هويت صنفى و مكانت اجتماعى خود را برفراز دارد بايد به مسائل زير به گونه اى جدّى توجه داشته باشد:
1 . شناخت همگانى از مسؤوليتها: نخستين گام اين است كه حوزويان درك و شناختى همگانى از جايگاه اصلى خويش پيدا كنند. نيازهاى زمان را به درستى بشناسند و بر آن باشند كه نقش واقعى خود را در راه اعتلاى اسلام ايفا كنند و وظيفه شرعى خود را عملى سازند.
متاسفانه تفكرى كه بر تحصيل تدريس و… در حوزه حاكم است گوياى اين واقعيت است كه حوزه جايگاه اصلى خويش را درك نكرده و ابعاد مسؤوليت سنگين و گسترده خود را به درستى نشناخته است. هنوز بسيارى از حوزويان احساس مى كنند كه وظيفه
اصلى آنان درس و تدريس است و بس. از وظيفه هاى برون حوزوى كمتر سخن گفته مى شود. هنوز در حوزه ماندن و پلاس اين درس و آن درس شدن به عنوان يك ارزش مطرح است; از اين روى بسيارى جدا شدن از حوزه را براى تبليغ و كارهاى اجتماعى ضد ارزش مى دانند و اگر چند صباحى از حوزه خارج مى شوند پى گيرانه درصدد بازگشتند. اين نشان مى دهد كه به راستى ما درنيافته ايم كه امروز چه وظايفى بر دوش داريم و چه رسالت و مسؤوليتى فرا روى ماست. حصارى سخت بر دور خود كشيده ايم و كمتر از بيرون حوزه آگاهى داريم. از به زمين ماندن وظيفه ها كمتر با خبر مى شويم انتظارات جامعه اسلامى را ناديده گرفته و به خطرهايى كه عقايد و دين مردم را تهديد مى كند بى توجه هستيم. چه مقدار از نيازهاى فكرى و اعتقادى داخلى و خارجى در دستور كار حوزويان قرار دارد.
براى اين كه درك مسؤوليت در حوزه همگانى شود بايد دردها و ظيفه ها را به گونه مرتب به حوزه هاى علميه گوشزد كرد. بايد راهى جست كه بتوان گرهها و دينى را كه رفع آن از وظايف حوزه هاى علمى و دينى است به حوزه منتقل شود تا حوزه احساس كند كه غير از تحصيل و تدريس مسؤوليتهاى ديگرى نيز دارد و لمس كند كه قلمرو فعاليت او خارج از حوزه است.
اگر حوزه چنين نكند مردم و نسل جوان سرگردان به دامن نامحرمان مى افتند و اسلام به خطر خواهد افتاد.
به گفته شهيد مطهرى: