در زمان خلفاي قبل از عثمان دو عامل باعث معطل ماندن بعضي از حدود الهي و يا اشتباه آنها ميشد كه عبارت بودند از الف) ناداني خلفا به حقيقت احكام و حدود الهي ب) تعصبات قومي. جايي كه اجراي حكمي به زيان عرب و يا احيانا سود غيرعربي تمام ميشد، تمايل جدي در اجراي حدود الهي نشان داده نميشد. در زمان عثمان به همان نسبت كه روحيه قومگرايي بخصوص توجه به قبيلهاش بيشتر ميشد در تصادم بين احكام الهي و منافع آنها معمولاً احكام خدا تعطيل ميشد. تعلل در اجراي حد الهي در حق وليدبنعقبه و حتي برخورد خشن با كساني كه عليه وي شهادت داده بودند (اگرچه بعدا تحت فشار افكار عمومي و حضرت علي(ع) اين حكم اجرا شد) اجراي حكم سنگسار در حق زني به نام جهينه، كه بعدا با توضيح حضرت علي(ع) مشخص شد كه حكم اشتباه صادر شده بود9، انتقال ابوذر با شتر برهنه دليل اعتراض به كاروانهاي شراب معاويه، نمونههايي از بيتوجهي و اهميت ندادن به اجراي احكام الهي توسط عثمان است كه باعث بدبيني بيشتر مسلمانان پارسا و معتقد نسبت به او شد.10
عثمان بر اين اعتقاد بود كه وظيفه تقسيم خمس غنايم و بيتالمال به عهده خليفه مسلمين، و اين حق الهي است كه به او عطا شده است. او به هر شكلي كه صلاح بداند ميتواند در بخشيدن آن به نزديكان خويش تصميم بگيرد11؛ بويژه اينكه در مقابل، بعضا مستمري ناچيزي كه به بعضي از اصحاب پارساي رسولخدا(ص) تعلق گرفته بود به دليل اعتراض آنها نسبت به تخلفات عثمان و عمالش قطع ميشد. عمال عثمان نيز در اخذ خراج و جزيه با نهايت شدت برخورد ميكردند و در مصرف آن نيز به دلخواه خود عمل ميكردند. براي خشنودي خاطر عثمان مقداري بيش از آنچه قبلاً واليان ديگر براي عثمان ميفرستادند از اموال به مدينه حمل ميشد. عبداللّه بن سعدابن ابيسرح اموالي كه به مدينه فرستاد بيش از 5/1 برابر اموالي بود كه قبلاً عمروعاص ميفرستاد. عثمان بدون توجه به روشي كه عبداللّه براي جمعآوري اين اموال اعمال كرده است نسبت به عمرو بدبين شد. در نتيجه عمرو نيز اقداماتي وسيع براي بدبين كردن مردم نسبت به عثمان و تحريك آنها عليه وي انجام داد.
عايشه در دوران خلافت شيخين از افراد مورد اعتماد دستگاه خلافت بود كه با جعل و نقل احاديث، نقش مؤثري در تقويت پايههاي خلافت داشت. عمر بيشترين مستمري يعني 12 هزار دينار را براي او قرار داد. به دليل كدورتهايي كه بين عايشه و عثمان پيش آمد، عثمان سهم وي را از بيتالمال به اندازه ديگر زنان پيامبر(ص) كاهش داد.عايشه پيراهن پيامبر اكرم (ص) را به مسجد آورده بر منبر پيامبراكرم (ص) آويخت و فرياد زد اي مردم اين پيراهن پيامبر اسلام است كه هنوز كهنه نشده است ولي عثمان سنت وي را تغيير داده است و پس از آن شروع به تبليغ عليه عثمان كرد و فتواي قتل عثمان را صادر كرد. وقتي كه اوضاع به نهايت وخامت رسيده بود و احتمال قتل عثمان شدّت گرفت، عايشه عزم سفر مكه نمود. حكمبنعاص پيش وي آمد و گفت بهتر است از اين سفر صرف نظر كني و در جهت فرو نشاندن اين طغيان تلاش كني.او در پاسخ گفت دوست داشتم عثمان را در كيسهاي همراه اثاثيهام حمل كرده، به دريا افكنم.
در اين هنگام از مصر، كوفه و بصره عدهاي به مدينه آمده بودند و شروع به تهديد خليفه كردند.مردم مدينه نيز از مسلمانان پاك،غلامان اشراف و اعراب بدوي و آنهايي كه طمعي نسبت به زمان پس از عزل عثمان داشتند به آنها پيوستند.در اين هنگام شاهد يك حركت تودهاي هستيم كه اميد هيچگونه تصميم و حركت عاقلانهاي از آنها نميرود. آنها تابع احساسات و غوغاي حاكم بر مدينه بودند.جو حاكم بر مدينه جهتگيري جريانات و آينده جامعه اسلامي بستگي به اقدامات احساساتي آنها داشت.
گروهي كه از شهرهاي مختلف به سوي مدينه حركت كرده بودند در ابتدا تصميم به قتل خليفه و يا تغيير خليفه نداشتند.آنها از خليفه خواستار بركناري افراد ناشايست و اصلاح اشتباهات گذشته بودند.عثمان نيز با وساطت حضرت علي (ع) و محمدبن مسلمه چندين بار ضمن اعتراف به اشتباهات گذشته، متعهد اصلاح امور و برآوردن خواستههاي شورشيان شد، امّا هر بار با دخالت حكمبنعاص و مروان و ديگر اقوامش كه بر وي مسلط بودند تعهدات خود را نقض كرد و هر بار هيجان و خشم حاكم بر شورشيان بيشتر ميشد12.
سر انجام، هنگامي كه عثمان با تعهد مجدد ومؤكد و ضمانت حضرت علي(ع) شورشيان را قانع كرد كه تصميم به اصلاح امور دارد و آنها نيز راهي ديار خود شدند،در راه غلام عثمان را ديدند كه سوار بر شتر مخصوص خليفه راهي مصر است.پس از تفحص از وي نامهاي كشف كردند كه با مهر عثمان به والي مصر دستور تنبيه شورشيان را صادر كرده بود. شورشيان اين بار به مدينه باز گشتند. عثمان از اين موضوع اظهار بياطلاعي كرد. ديگران نيز تأييد كردند كه اين كار حكمبنعاص و مروان بوده است. شورشيان از اينجا خواستار خلع خليفه شدند و گفتند كه خليفهاي كه اين چنين به جايش تصميم گرفته، فرمانهاي خلاف به نام او صادر ميكنند، شايستگي خلافت را ندارد و بايد بركنار شود. عثمان در جواب اظهار داشت جامه خلافتي را كه خداوند بر تن من راست كرده است از تن خويش در نخواهم آورد.
عثمان با راهنمايي حكم و مروان نخست اميد داشت كه با مدتي وقتگذراني و مدارا با شورشيان بتواند نيروي مسلحي را فراهم آورده، با نيروي نظامي بر اوضاع مسلط شود و در اين تصميم بيش از هر كس به معاويه اميد داشت و معاويه هم سپاهي آماده كرد. اما در بين راه آنها را متوقف كرد و خود راهي مدينه شد. عثمان گفت چرا تنها آمدهاي وي اظهار داشت:سپاه آماده است الآن خود براي كسب خبر آمدهام. عثمان جواب داد:به خدا قسم نيت تو اين است كه با اين سپاه پس از كشته شدن من به خونخواهي من به مدينه در آيي. اقدامات وي براي تجهيز قوا در مدينه نيز بيش از پيش شورشيان را تحريك كرد و جز جديتر كردن شورشيان نتيجهاي ديگر به بار نياورد. اوضاع روز بروز بحرانيتر ميشد و شورشيان بر خلع خليفه اصرار داشتند و عثمان نيز خود را ملزم به حفظ مسند خلافت ميدانست. لذا اين جريان به محاصره خانه عثمان انجاميد كه حتي آب را بر روي وي بستند. در واپسين لحظات محاصره با تيري كه از پشتبام منزل عثمان پرتاب شد يكي از اهالي مدينه به قتل رسيد. شورشيان خواهان تسليم قاتل شدند. عثمان از بر آوردن اين خواسته ابا كرد. در نهايت شورشيان به داخل منزل عثمان ريخته، او را به قتل رسانيدند.
در كتابهاي تاريخي در باره اقدامات حضرت علي(ع) در طول اين بحران روايات مختلفي نقل شده است كه چكيده اين روايات در سه ديدگاه جمعبندي شده و با شناختي كه از اوضاع آن روز مدينه و چگونگي شكلگيري بحران حاصل شده، تمييز صحيح از غلط آسان خواهد بود.