قزلباشان به ماوراءالنهر پناه برد و در آنجا به تشويق و تهييج ازبكان عليه صفويه مشغول شد.
عده ديگرى از علماى سنى ايران نيز كه بر مذهب خود پافشارى كردند، قربانى خشونت قزلباشان شده، به قتل رسيدند. قاضى ميبدى (910 ق.) و سيفالدين تفتازانى (916 ق.) در زمره قربانيان سياست مذهبى صفويان محسوب مىشوند. با استقرار دولت صفوى به تدريج حوزههاى علمى اهل تسنن جاى خود را به مدارس علمى شيعى دادند و ايران به يكى از مراكز اصلى علمى و فرهنگى شيعه مبدل گرديد.
محقق كركى و اندكى از علماى عرب كه به همراه وى به ايران آمدند، بانيان اصلى حوزههاى علميه ايران محسوب مىشوند. كار محقق كركى، بهخصوص در دوره شاه اسماعيل، تبليغ و پاسخگويى به مسائل روز و نيز پايهگذارى حوزههاى علميه در شهرهاى مختلف ايران است. وى با حضور خود در شهرها مردم و عالمان شيعه شده را به مبانى فقهى و كلامى شيعه آشنا مىكرد1. و حوزههاى علميه شيعه را بنيان مىگذاشت. وى از جمله در كاشان و اصفهان حوزه علمى پربارى را بنا نهاد كه بعدها علماى بزرگى را در خود پرورش دادند. از كارهاى وى، تلاش براى تصحيح قبلهيابى شهرهاى ايران است كه مخالفتهاى زيادى را نيز به همراه داشت2. محقق كركى در اين دوره به تربيت شاگردانى همت گماشت كه هر يك از آنها در روند رشد حوزهها مؤثر واقع شدند. شاگردان او را چهارصد نفر ذكر كردهاند. از سوى ديگر محقق كه خود
1. محقق كركى يك بار تلاش كرد تا قواعد علامه را به غياثالدين منصور عالم مشهور تدريس كند، اما موفق نشد. ر.ك: احسن التواريخ، ص 249. و مقاله زندگىنامه محقق در همين مجموعه. 2. خوانسارى، روضات الجنات، ج 4، ص 372 و توضيحات احسن التواريخ، ص 688.