مى دانيم كه در عصر اموى، خوارج، مرجئه، قدريه بوجود آمدند و هر يك بنيان خلافى را در مذهب، فروعاً و اصولا نهادند و دگرگونى هاى ديگرى در دين پديد آوردند، و چنانكه اشاره شد واصل بن عطا (متوفى 131 هـ) از استاد خود جدا مى شود و مكتبى بوجود مى آورد كه بعدها اعتزال خوانده مى شود.
در اين جريان ارباب ملل و مذاهب ديگر مانند: يهود، نصارى، و مجوسان به وسائل و طرق خاص ايراداتى در عقايد و فروع دين اسلام وارد كردند و شبهاتى القاء نمودند.
و چنانكه اشارت رفت مذهب قدريه به وسيله «معبد جهنى» پايه گذارى شد و بدين ترتيب هيجان و اضطراباتى هم در عمق و هم در سطح اسلام حاصل گرديد. و با تمام ايراداتى كه بر مذهب اعتزال وارد است به طور قطع پيروان آن بزرگترين خدمت را به استوارى اركان اسلامى كرده اند و در حدود دو قرن دانشمندان بزرگى به جامعه اسلامى تحويل دادند كه هر يك در پايه گذارى معارف اسلامى سهمى بسزا داشته است از جمله: ابوبكر اصم، ابوهذيل علاف (متوفى 235) ابراهيم بن سيار يا يسار (متوفى 221) جاحظ بصرى (متوفى 255) ابوعلى جبائى (متوفى 303) كه در ايجاد نظام اعتقادى اسلام بر مبناى اصول عقلى خدمات ارزنده اى به عالم اسلام كرده اند; بديهى است كه فرقه هاى ديگرى مانند: يونسيه، هشاميه، نجاريه، همه از فروع اين فرقه اصلى و اساسى اند.
البته اين نزاع و جدالها به آن نحو كه در عالم مسيحيت و در قرون وسطى وجود داشت در جهان اسلام تحقق پيدا نكرد.
زيرا همانطور كه اشارت رفت دين اسلام دين تفكر و انديشه در آفاق و انفس است تا آنجا كه فلاسفه اسلامى غايت دين و فلسفه را يكى دانسته اند و آن نيل به سعادت دنيا و آخرت است.
آيات بسيارى از قرآن مجيد در مدح و ستايش علم و معرفت و تفكر و تعمق در جهان آفرينش و خلقت انسان و حوادث و وقايع روزگار آمده است در بسيارى از آيات قرآنى حريت و آزادى فكر تأمين شده است:در سوره بقره در «آية الكرسى» آمده است: (لا اكراه فى الدين قد تبين الرشد من الغى).
در سوره كهف آمده است: (قل الحق من ربكم فمن شاء فليؤمن ومن شاء فليكفر).
با اين وصف عده اى بناى ضديت را با علوم عقلى گذاردند و در طرد و نفى بلد و اتهام و افتراء فلاسفه اعمالى ناهنجار انجام دادند.
و از همان ابتداء كسانى را مانند «على بن عبيدة الريحانى» و «ابوزيد بلخى» را به الحاد و زندقه نسبت دادند. و بطور قطع مستقيم يا غير مستقيم اين وضع را اهل سنت و حديث بوجود آوردند. آنان صريحاً طلاب علوم را از اشتغال به فلسفه منع مى كردند.
در عصر عباسى بسيارى از فلاسفه را زنديق شمردند (اين امر از آثار وجودى اشعريان بود). اولين امرى كه مورد بغض و سخط اهل حديث و سنت واقع مى شود الهيات و منطق ارسطو است و سپس ساير شعب علوم از رياضى و طبيعى و غيره، و كسانى كه به اين علوم اشتغال داشتند گاهى مورد لطف خلفاء و امراء و گاهى مورد غضب و سخط آنان واقع مى شدند.
يكى از قربانيان راه علم و فلسفه در جهان اسلام «ابن رشد» است كه محاكمه و نفى بلد گرديد و به دنبال آن به موجب منشورى كه از طرف خلافت مغرب صادر شد تعليم فلسفه تحريم گرديد.
ديگر از قربانيان راه علم، كمال الدين يونس موصلى است كه معاصر ابن خلكان است و به علوم فلسفى، رياضى و ساير شعب علوم وارد بود.
از جمله كسانى كه شديداً با فلسفه دشمنى ورزيد «ابوحامد غزالى» است كه كتاب «تهافت الفلاسفة» را نوشت و ديگر «ابن تيميه» (729 هـ) است.