بارى با آنكه بحث در مسائل اعتقادى نزد اهل حديث بدعت و حرام بود خلفاى اسلام كه هم خود را حافظ شريعت و هم نگهبان سياست مملكت مى دانستند ناچار شدند ضديت اهل سنت را نديده گرفته جهت رد شبهات، دانشمندان را به سلاح علوم عقلى و منطقى مسلح گردانند.و بدين ترتيب به نقل علوم عقلى و فلسفه و رياضيات و طبيعيات به زبان عرب همت گماشتند و اين علوم را با تمام شعب و فروعش در جهان اسلام وارد كردند و بسيارى از فلاسفه اسلامى از همان اوان رشد فلسفه در اسلام در موارد مناسب از آيات و اخبار استفاده كردند و شواهدى آوردند تا آنجا كه در بعضى از كتب و رسائل فلسفى ديده مى شود كه ابتداى مبحث به آيه اى و روايتى شروع مى شود و در خلال مبحث نيز آيات و اخبار به مناسبت، نقل شده است نمونه اين طرز تفكر، انديشه فرقه اسماعيليه است كه، آنان در اختلاط مسائل فلسفى با نقليات كوشش وافرى مبذول داشته اند، چون، مذهب آنان مبتنى بر تأويل است ناچار براى آنكه از عهده تأويلات و بيان مبهمات و مجملات و متشابهات قرآن و اخبار نبوى برآيند به دنبال علوم عقلى رفتند و به اصول و قواعد آن كاملا آشنا شدند و چون بسيارى از مشكلات آنان از اين راه حل شد و توفيقاتى حاصل كردند پنداشتند كه كليد حل شريعت، فلسفه و علوم رياضى و منطق است و بدين جهت فلسفه را از دين جدا ندانستند و همه فلاسفه بزرگ يونان و بلاد ديگر را ملهم به الهامات الهى دانستند. و كلمات آنها را به عنوان وحى منزل تلقى كردند. اين فرقه خود اصطلاحاتى وضع كردند و كلام نوينى بوجود آوردند نمونه اينگونه افكار كتب و رسائل ناصر خسرو قباديانى و حميدالدين كرمانى است.دسته ديگرى كه از لحاظ فكرى همانند اسماعيليه اند، اخوان الصفا مى باشند. اين دسته كه خود طبقه خاصى از فلاسفه اسلامى را تشكيل مى دهند ظاهراً مكعب خاصى را دنبال مى كردند و در پى ريزى فلسفه و يا كلام خاص به خود روش اسماعيليان را كم و بيش دنبال كردند و صراحتاً خواسته اند حكمت يونان را با مسائل دين هم آهنگ سازند.سعى اينان بر اين بوده است كه فاصله ميان دين و حكمت را مرتفع سازند و رنگ دينى كامل به فلسفه بدهند.بناى كار فلسفى آنها بر فلسفه يونان به ويژه فيثاغورسيان و فلسفه هندى بودائى و فلسفه اشراقى ايرانى و افكار منسوب به مذهب هرامسه و بالاخره افكار و انديشه هاى سقراط، افلاطون و ارسطو است از سخنان آنان استفاده كردند و به تأويل آيات و اخبار پرداختند و با اختلاط آن فلسفه اى خاص بوجود آوردند.رسائل آنها نمودار اين نوع فلسفه و شامل تمام مباحث علوم يونانى است از رياضيات، طبيعيات و منطقيات و الهيات به اضافه ناموسيات و مباحث مربوط به روح و نفس و بالاخره بخش حكمت عملى با تمام اقسامش.علاوه بر كتب و رسائل حكمى و آيات قرآنى و اخبار نبوى و كلمات بزرگان و عارفان به سخنان مسيح در عهد جديد و حواريون و كلمات موسى و شاهان بنى اسرائيل و قضات آنها در عهد عتيق توجه داشته اند.