در طى تاريخ و جريانات روزگار و اقتضاهاى محيطى اين مذهب ها نوساناتى پيدا كرده است گاهى جنبه هاى اشراقى و زمانى وجهه هاى مشائى و روزگارى اعتبارات كلامى رجحان يافته است و بالاخره از يك طرف مسائل كلامى و فلسفى و دينى با هم درآميخته و رنگى ديگر به خود گرفته است و از سوى ديگر از روح عرفان و مسائل ذوقى برخوردار مى شود و بدين ترتيب فلسفه مستقل و خاصى در عالم اسلام بوجود آمده است كه با فلسفه يونانى فاصله پيدا كرده است. و البته اين امر يعنى استقلال فكرى مسلمين از همان ابتداى كار و فراغت از نقل و ترجمه به وجود آمده است.
گذشته از اهل كلام و حديث، كسانى كه روش عقلى آنان بر عرفان نظرى استوار است مانند محيى الدين ابن عربى، اساس كار فلاسفه و متكلمان را واژگون كرده اند و بنائى ديگر نهاده اند.
در اعصار و قرون بعد، فلسفه تقريباً از جهان اسلام خارج مى شود و راهى ديگر را طى مى كند، و عصر مغول و تيمورى در ابهام و اجمال بسر مى برد و رنگ عرفانى كامل به خود مى گيرد و به نوعى ديگر در عصر صفوى و اندكى ماقبل آن در ايران ظهور مى كند و اين بار به طور وضوح جامع عرفان و كلام و فلسفه و حديث مى شود، مجمع الابهرى مى شود بدست صدرالدين شيرازى وى با آنكه در مسائل خاص فلسفى مانند حركت جوهريه نظريات بديعى دارد، فيلسوفى است با روش خاص كه فلسفه خود را حكمت متعاليه خوانده است.
وى مسائل دينى را با مسائل كلامى و فلسفى و سخنان بزرگان درآميخته است و فلسفه اشراق را با اصول مشاء توأم كرده است از طرفى از اصول مدون شيخ ابن سينا و فارابى و الكندى پيروى مى كند و از طرفى ديگر تحت تأثير نور و ظلمت اشراق واقع شده است ترتيب جهان خلق ارسطو را برگزيده و از مثل افلاطونى بهره مند شده است.
از محيى الدين ابن عربى در بسيارى از مسائل تبعيت كرده است. اخوان الصفا را در قسمتهاى علوم الهى و استفاده از آيات قرآنى و كلمات نبى اكرم و سخنان ائمه، پيشواى خود قرار داده است. سخنان هرامسه و اساطين هفت گانه حكمت يونان را وحى منزل دانسته، آنان را پيامبران برگزيده خدا مى داند. در موارد مختلف از حميدالدين كرمانى و ناصرخسرو سخت متأثر شده است.
ميرداماد نيز با آنكه در بعضى از كتب و رسائلش فيلسوف مشاء است مانند: قبسات. لكن در رسائل خلسه ملكوتيه و رسائل ديگر حالت اشراقى و عرفانى خود را كاملا نمودار كرده است و بطور وضوح تحت تأثير متكلمان اسلامى و صوفيان واقع شده است.
حاجى سبزوارى كه آخرين فيلسوف اسلامى به حساب آمده است در مجموعه كتب و رسائلش، روح اشراق و مشاء توأم شده است و مسائل فلسفى را بطور كامل با اعتقاديات و مسائل دينى درآميخته است.
اما دسته دوم كسانى هستند كه كمتر به مسائل مذهبى و كلامى و دينى پرداخته اند: و چنانكه اشارت رفت «ابن باجه» را بايد از اين دسته به حساب آورد زيرا وى نه تنها به مسائل مذهبى نپرداخته است و مسائل فلسفى را مطابق روش يونانيان مورد بحث قرار داده است بلكه بنا به روايتى از اين جهت مورد طعن ابن طفيل نيز واقع شده است.
الكندى ابويوسف يعقوب ابن اسحاق (قرن سوم هجرى). با آنكه بنا به روايتى پيرو مذهب اعتزال است كمتر در رسائل فلسفى وى مسائل دينى تجلى كرده است.
وى شارح ارسطو و فيلسوف مشائى است و در مسائل اخلاقى خود نظريات بديعى دارد، گرايش و روح مذهبى وى در مسائل اخلاقى او ديده مى شود.
فارابى (متولد 339 هـ) با آنكه در علوم الهى رساله هائى دارد در بحث ها و رسائل فلسفى خود مسائل دينى را كمتر دخالت داده است وى در امور اجتماعى و منطقى و مسائل مابعد طبيعت رساله هائى ارزنده دارد، در باب ماهيت روح و اثبات مفارقات و خلود نفس نيز رسائلى دارد. در مورد بهشت و دوزخ عقايدى خاص دارد. كه با اصول شريعتها وفق نمى دهد. لكن در فصوص الحكم كاملا مسائل مذهبى را مطرح كرده است. او فلسفه يونان را هدايت كننده انسانها و مايه سعادت ابدى مى داند.