سبكتگين از پذيرش خواست ايلك‌خان كه خواستار اتحاد آنهابراي حذف سامانيان وتقسيم بلاد وآغاز جهاد بر ضد «كفار ترك وهند واظهار حق‌ونصرت كلمه دين وقمع اهل شرك وعناد وقهر حزب فسق وفساد» شده بود،خودداري كرد. چيزي به جنگ نمانده بود كه كار به صلح انجاميد. در اين مصالحه‌مقرر شد تا سمرقند را به فائق خاصه، كه به ايلك خان پناهنده شده بود، واگذار كنند.
در اين روزگار، سبكتگين در بلخ وفرزندش محمود در نيشابور امارت‌مي‌كردند. سبكتگين در شعبان سال 387 درگذشت. جانشين او به‌طور طبيعي،فرزندش محمود غزنوي بود.
زماني كه سبكتگين درگذشت، غزنه به دست فرزندش اسماعيل ونيشابور دراختيار محمود بود.
درست مانند ديگر امپراطوري‌ها كه معمولا گرفتار اختلافات‌خانوادگي مي‌شوند، ميان اين دو برادر نيز اختلاف آغاز شد. حضور اسماعيل ـنواده الپتگين ـ در بلخ كه محل استقرار پدرش بود، به معناي آن بود كه وي جانشين‌اصلي پدر به شمار مي‌آيد. اسماعيل عنصري سبك‌سر بود وقصد براندازي محمودرا داشت. در برابر، محمود در هوش وذكاوت وسابقه وسن از وي پيش‌تر بود.تلاش محمود براي مصالحه با برادر به جايي نرسيد. در نهايت ميان آنان، جنگ‌خونيني درگرفت كه به قول عتبي «امير سيف الدوله حمله كرد واز ميغ تيغ، سيلاب‌خون در كوه وهامون براند وچهره سبز رنگ بنات هند را از گلگونه خون ابناي‌حرب ارغواني كرد.» محمود پيروز شد ودر كنار جنازه كساني كه در جنگ كشته‌شده بودند با برادر صلح كرد وهمه چيز خاتمه يافت. اكنون محمود سلطان شد، درحالي كه پدرش را با اين لقب نمي‌خواندند.
در حالي كه محمود بر بلخ وغزنه مسلط شده بود، خراسان از دست رفت‌وبكتوزون ترك بر آنجا چيره شد. وي از امير ساماني خواست تا خراسان را به او بازپس دهد؛ اما امير به وي توصيه كرد تا همان بست وبلخ وهرات را داشته باشد.روشن بود كه محمود از خراسان كه تسلط بر آن، نشانه دولت وقدرت در جهان‌اسلام بود، نمي‌گذشت. وي راهي نيشابور شد ووقتي شنيد كه امير ساماني نيز رو به‌نيشابور مي‌آيد، در مروالرود فرود آمد. عاقبت ميان سپاه محمود وعبدالملك بن‌نوح وسردارش بكتوزون جنگي پيش آمد كه در آن امير ساماني شكست خورد وبه‌بخارا بازگشت.
تا اين زمان، غزنوي‌ها خود را به نوعي همراه با سامانيان مي‌ديدند؛ اما جنگ‌مزبور آنها را رو در روي يكديگر قرار داد ومنجر به نابودي سامانيان وجانشيني‌غزنويان شد.
بازگشت محمود به هرات، راه را براي بازگشت بكتوزون به نيشابور ودعوت به‌نام امير ساماني هموار كرد. محمود بازگشت وبار ديگر سپاه ساماني را از خراسان‌بيرون راند. وي برادرش نصر را به سپهسالاري نيروهاي خراسان گماشت وبه بلخ‌بازگشت.
در سال 389 هجري، ايلك خان ترك به بخارا آمد وپس از آن كه از سر دوستي‌وارد بخارا شد، تمامي خاندان ساماني را زنداني كرد وبه قدرت اين سلسله كه اين‌زمان چيزي جز بخارا وحوالي آن را در اختيار نداشتند، خاتمه داد. روشن بود كه باوجود سردي روابط‌ِ سامانيان وغزنويان كه درباره خراسان پيش آمده بود، جاي‌حمايت از سامانيان توسط غزنويان ـ به مانند آنچه زمان بغراخان ترك گذشت ـنبود؛ بلكه به عكس، روابط ميان غزنويان وتركان ماوراءالنهر بهبود يافته بود.سلطان پس از فتح هند، زماني كه ديگر اثري از سامانيان برجاي نمانده بود،نماينده‌اي را با نام ابوطيب صعلوكي كه فقيهي بنام بود، با هداياي زياد به سوي‌ايلك‌خان فرستاد ومتقابلا ايلك خان نيز هداياي فراواني براي سلطان غزنوي‌ارسال كرد.
سلطان غزنوي، سپس متوجه سيستان شد وطي نبردهايي با خلف بن احمدآخرين امير صفاري،