ناصر خسرو سخت به تشيع خويش پاي‌بند است وقصايد فراواني در ستايش امام‌علي(ع) وفرزندانش دارد:
وي از اين كه شعرش در خدمت مدح وستايش اهل بيت ومقتل خواني آنان است،سخت ابراز رضايت مي‌كند:
شعر ناصر خسرو، گرچه به سلاست شاعران مشهور آن روزگار نيست، اما اين‌ويژگي را دارد كه تماما در خدمت معاني مذهبي وعقلي است. ناصر خسرو به جزسفرنامه وديوان چندين كتاب ورساله ديگر در مسائل عقلي وكلامي نوشته است.
يكي از آثار مهم او، كتاب وجه دين است. اين كتاب نوعي دين‌شناسي بر مذاق مذهب اسماعيلي است. وي در اين كتاب، مباحث اعتقادي وفقهي را آورده وبه‌مانند اسماعيليان ديگر، آنها را داري يك ظاهر ويك باطن دانسته، هر كدام راجداگانه بحث مي‌كند. بسياري از آن تأويل‌ها، بلكه همه آنها، از اساس بي‌پايه بوده‌ووجهي در قرآن و روايات اصيل اسلامي ندارد؛ گرچه برخي از آنها، برداشت‌هاي‌ذوقي زيبايي است.
يكي ديگر از آثار وي كتاب جامع الحكمتين است. اين كتاب شرحي است ازقصيده‌اي از احمد بن حسن جرجاني است كه ناصرخسرو به درخواست علي بن‌اسد حاكم بدخشان آن را شرح كرده است. او از حاكم بدخشان با عنوان مردي «بيداردل و هشيار مغز و روشن خاطر و تيز فكرت و دوربين و باريك انديش و صايب‌رأي و قوي حفظ و پاك ذهن و پسنديده خو» ياد كرده است. كتاب جامع الحكمتين،كتابي فلسفي است؛ هم فلسفه الهي و هم فلسفه طبيعي. ابتدا قصيده كه محتواي آن‌سؤالات فلسفي و علمي است آمده و در ادامه شرح مبسوط ناصرخسرو چاپ شده است.
فعاليت پنهاني طرفداران دولت فاطمي مصر در شهرهاي مختلف ايران، سبب شدتا آنان به آرامي در بسياري از نقاط نفوذ كرده وبه شناساني مكان‌هاي امن بپردازند.اين مكان‌ها در آن روزگار، قلعه‌هايي بود كه به سادگي قابل دسترسي نبوده وهر اميرسركشي، براي مقاومت در برابر دولت حاكم، با پناه بردن به اين قلعه‌هامي‌توانست‌مدتي دوام آورد.
قلعه‌هاي مزبور، به‌طور معمول براي پنهان كردن‌خزاين مالي حكومت‌ها ويا تبعيد اشخاص مهم نيز استفاده مي‌شد. اسماعيليان اين‌قلعه‌ها را شناسايي كرده وشماري از مهم‌ترين آنها را براي استقرار خود انتخاب‌كرده بودند.
آشفتگي اوضاع اصفهان پس از ملكشاه، سبب شد تا اسماعيليان اين شهر، درظاهر نخستين كساني باشد كه فعاليت رسمي خود را آغاز كنند. يكي از قلعه‌هايي كه‌ملكشاه در اصفهان ساخته بود، قلعه دژكوه بود كه در دوران آشفتگي اوضاع‌اصفهان، به دست باطنيان افتاد. نوشته‌اند كه آنها با استفاده از اين فرصت، به قلع‌وقمع مخالفان خود در اصفهان پرداختند.
به محض آن كه بركيارِ استقرار يافت، به تلافي، شروع به كشتن افراد متهم به‌باطني‌گري در اصفهان كرد. ابن‌اثير نوشته است: جهنمي از آتش آماده كردند وهركسي را كه متهم به اين نحله مذهبي بود، در آتش انداختند. شگفت آن كه بسياري ازبزرگان اصفهان متهم شدند كه به اين مذهب وابسته‌اند. يكي از آنها حاكم يزد، ازخاندان كاكويه بود. حتي ابوابراهيم اسدآبادي كه به نمايندگي بركيارِ به بغداد رفته‌بود، متهم شد كه از سران اسماعيليه است. به همين دليل، به بغداد خبر دادند تا او رادستگير كنند.