شورش را به عهده گرفت. حسين مروزي از سران‌دعوت اسماعيلي در خراسان بود. قيام حسين در سال 306 هجري به دست يكي ازاشراف بخارا با نام احمد بن سهل سركوب شد. در اين نبرد، وي به اسارت درآمدوسپس به بخارا برده شد ودر زندان‌ِ آنجا درگذشت.
اندكي بعد، در شورش ديگري كه سه برادر نصر بن احمد در آن شركت داشتند،فرزند حسين مروزي نيز حضور يافت. رهبري اين شورش را ابوبكر خباز بر عهده‌داشت. بلعمي‌ِ وزيرْ شورش را فرو نشاند وابوبكر كه به اسارت درآمده بود، زيرصدها تازيانه جان سپرد.
حركت دعوت اسماعيلي، حركتي منظم بود. زماني كه مروزي اسير شد، شخص‌ديگري، رهبري داعيان اسماعيلي را عهده‌دار شد. وي محمد بن احمد نخْشبي ـنَسَفي ـ بود. او مركز دعوت را به ماوراءالنهر منتقل كرد تا بتواند نومسلمانان را به‌خود جذب كند. نخشبي در نسف وبخارا، كساني را به مرام خويش دعوت كردوحتي از درباريان نصر، گروهي به او علاقمند شدند. از آن جمله، حاجب‌ِ آيتاش‌ودبيرْ ابوبكر بن ابي‌اشعث ونيز ابومنصور چُغاني وشماري ديگر.
نفوذ نَخْشبي دردربار ساماني، تا به آنجا رسيد كه بنابه برخي نقلها، امير نصر نيز به مذهب اسماعيلي‌گرويد! وي پذيرفت تا به خاطر مرگ حسين مروزي در زندان، يك صد ونوزده‌هزار دينار به القائم بامرالله خليفه فاطمي بپردازد. اين اوج پيشرفت كار اسماعيليان‌در ماوراءالنهر بود.
مخالفان اين جنبش، طرحي را تنظيم كردند تا نصر را بكشند. نوح فرزند نصر، باآگاه شدن از اين توطئه سر رئيس آنان را از بدن جدا كرد. با اين حال، نصر به نفع‌فرزندش نوح از امارت كناره گرفت. نوح كه سخت مخالف جريان اسماعيلي بود،به كار تعقيب آنان پرداخت. روشن است كه توده‌هاي مردم واشراف شهر از اهل‌سنّت بوده و قدرت سامانيان، بدون چنين اقداماتي بر ضد اسماعيليان برجاي‌نمي‌ماند. نخشبي اعدام شد، گرچه پيروانش نعش او را از سرِ دار ربودند.
در اواخر دوره ساماني نيز تبليغات اسماعيليان كه به طعنه آنها را قرمطي‌مي‌گفتند ـ اشاره به فرقه قرامطه كه در بحرين قدرتي يافته بودند ودر اصل ازفرقه‌هاي اسماعيلي مذهب بودند ـ فراوان شده بود. جوزجاني نوشته است كه درلشكر ابوعلي سيمجور كه زماني از سپهسالاران ساماني بود وبر آنها شوريده بود«اكثر معارف ولايات او در دعوت قرامطه درآمده بودند». البته اين مي‌تواند اتهامي باشد كه‌سامانيان به دشمنان خود مي‌زدند؛ اما به هر روي اسماعيليان، در خراسان‌ِ اواخر قرن‌چهارم، نفوذ گسترده‌اي داشته‌اند.
پس از آن كه نصر بن احمد ساماني درگذشت، فرزندش نوح به سال 331 حكومت‌را به دست گرفت. وي نيز با آشوب‌هاي فراواني در خراسان رو به رو شد. مهم‌ترين‌شورش بر ضد وي، به وسيله ابوعلي چغاني صورت گرفت كه از امراي ساماني بود.وي پس از آن كه مدتي سپهسالاري خراسان را داشت، در نيشابور بر نوح شوريدوعموي او ابراهيم بن احمد را به قيام بر ضد وي واداشت. آنها به بخارا آمدندوبراي‌مدتي بر آن شهر چيره شدند. سپاه پس از مدتي، جانب نوح را گرفت‌وابراهيم عزل شد. نوح در سال 341 شورش‌ها را فرونشاند، اما در سال 343درگذشت.
جانشين نوح، فرزندش عبدالملك بود كه تنها ده سال داشت. در دوران وي نيزشورش‌هايي وجود داشت. او در سال 350 از اسب بيفتاد ودرگذشت. با درگذشت‌وي، برادرش منصور فرزند نوح بر تخت نشست. براي وي نيز «اتفاق پديد آمد بعداز اختلاف بسيار». سپهسالار برادرش الپ‌تگين، از غلام ترك‌ها، بر وي شوريد. اوكه طبق معمول در نيشابور بود، به سوي بخارا آمد. در گذر از جيحون، متوجه سپاه‌بي‌شمار سامانيان شد. خواست به نيشابور برگردد ممكن