اسلام وا مي‌داشتند، در حالي كه يهوديان، مسيحيان وزرتشتيان در حفظ‌مذهب خود آزاد بودند وبه عنوان اهل ذمه در كنار ديگر مسلمانان زندگي مي‌كردند.شايد يكي از دلايل رشد سريع اسلام در ماوراءالنهر همين نكته باشد.
به هر روي محققان نوشته‌اند كه طبقات پايين مردم بخارا، گروه گروه به اسلام‌گرويدند وبه تدريج اشراف‌ِ زمين‌دار نيز كه به آنها دهقان يا دهگان مي‌گفتند، اسلام‌آوردند.
بايد بدين نكته توجه داشت كه اشراف وفرمانروايان محلي، سخت با يكديگرنزاع داشتند واين مسأله به حضور اعراب مسلمان در اين ناحيه، كمك فراواني كرد.در اصل، دهقانان، اشراف زمين‌داري بودند كه چونان فرمانروا بر سرزمين زيرسلطه خود حكومت مي‌كردند. در سفري كه هارون الرشيد به خراسان آمد، چهارماه ميهمان يك دهقان بود. پس هارون به وزيرش گفت: «اين دهقان در تشييد معالم‌ضيافت يد بيضا نمود وهيچ دقيقه از دقايق، مروّت ضايع نگذاشت؛ ما را بر وي‌الزام غرامتي بايد فرمود تا از عُجْب مصون ماند ومهر كمال برين صنايع ونيك‌خدمتي خويش ننهد.» به هر روي دهقانان، نقشي مهمي در منطقه خود داشتندوبراي حفظ اين قدرت به راحتي با فاتحان كنار آمدند.
متأسفانه در نيمه اخير دوران اموي، براي آن كه پول بيش‌تري به عنوان جزيه ازنامسلمانان بگيرند، راه مسلمان شدن را مردم بر سدّ كردند. اهميت پر بودن بيت‌المال براي يك دوره، مشكلي را براي توسعه اسلام در خراسان ايجاد كرد. با اين‌حال، بخارا سخت به اسلام علاقمند ماند وتحت تأثير هيچ فشاري از سوي برخي‌از فرمانروايان محلي، از اسلام باز نگشت، بلكه با قدرت در رواج اسلام كوشيد.درآخرين سالهاي دوران اموي واوايل عباسيان، بخارا، به شهري با فرهنگ اسلامي‌ـ عربي تبديل شد وآثاري كه پيش از آن به زبان پهلوي بود، به زبان عربي‌درآمد.
زماني كه عباسيان قدرت را به دست گرفتند، يكي از رهبران عرب بخارا، با نام‌شريك بن شيخ مهري بر ضد عباسيان قيام كرد. وي خود را شيعه آل علي معرفي كردوگفت كه عباسيان، غاصب حق علويان هستند. اين جنبش، به شدت سركوب شد؛اما نشان از آن داشت كه مردم مسلمان بخارا، به تشيع علاقمند بوده‌اند.
انحراف فكري ـ سياسي مقنّع نيز براي چند سال (158 ـ 166) مشكلاتي را براي‌بخارا پيش آورد؛ اما اسلام قوي‌تر از آن بود تا با اين جنبش‌هاي سياسي ـ فكري شبه‌زرتشتي والحادي و بيشتر سياسي از پاي درآيد.
در اواخر قرن دوم هجري، هنوز در بخارا، نامسلماناني بودند كه مسلمانان راآزار واذيت مي‌كردند؛ اما حضور طاهريان در خراسان وپس از آن قدرت يافتن‌سامانيان، منطقه را به‌طور كامل در اختيار اسلام قرار داد. آيين بودايي به دليل آن كه‌يك آيين بت‌پرستي بود به سرعت از بين رفت؛ زيرا مسلمانان به هيچ روي بابت‌پرستي ميانه‌اي نداشتند واجازه زندگي به بت پرستان را نمي‌دادند؛ در حالي‌كه‌آيين زرتشتي ومسيحي ويهودي براي مدت بيش‌تري دوام آوردند. البته،به‌دليل‌عدم حضور ساساني‌ها در اين بخش، اين آيين هم، از قبل پشتوانه‌استواري‌نداشت.
به‌تدريج بخارا، به دليل اهميت مذهبي ـ علمي خود، روحانيون قدرتمندي‌يافت كه در جريان دعوت اسماعيل ساماني به اين شهر، نقش فعالي را به عهده‌داشتند ومردم فرمانبردار آنها بودند. اين خصلت شهر، دقيقا با ويژگي‌هاي مذهبي‌اميران ساماني سازگار بود. از يك سو آنها اشراف بودند وتوانستند طبقات بالاي‌جامعه را با خود همراه كنند، از سوي ديگر، سخت متديّن به اسلام بودند. اين مسأله‌عاملي براي حفظ وحدت ويكپارچگي ميان طبقات بالا وپايين جامعه بود.
بخارا در آستانه روي كار آمدن سامانيان، كشش تبديل شدن به يك شهر بزرگ‌اسلامي را