از طريق هيئت دولت; يعنى قوّه ى قضاييه قوانينى را اجرا مى كند كه مصوّب مجلس بوده، گردش كار قانونى اش را طى كرده است و شوراى نگهبان هم آن ها را تأييد كرده باشد; اما در اجراى اين قوانين، به هنگام تخلف ها ديگر از كسى دستور نمى گيرد. هم چنين در مورد بودجه و نيز در تقديم لوايح قضايى كه از طريق وزير دادگسترى صورت مى گيرد، مى بايد هم آهنگى داشته باشد. البته لوايح قضايى را نيز خود قوّه ى قضاييه مى نويسد، نه وزير دادگسترى و قوّه ى مجريه و هيئت دولت. اتفاقاً اين موضوع منجر به يك تفسير از سوى شوراى نگهبان شد كه شوراى نگهبان در مورد لايحه ى جرم سياسى همين گونه اظهارنظر كرد و گفت: هيئت وزيران نمى توانند سَرِ خود و بدون تصميم قوّه ى قضاييه، تصميم به تقديم لايحه ى قضايى بگيرند. چون قوا مستقل از يك ديگرند، وزير دادگسترى و هيئت وزيران، واسطه اى براى تقديم لايحه ى قضايى تنظيم شده در قوّه ى قضاييه هستند و به اين ترتيب ابتكار عمل به دست قوّه ى قضاييه است;
2 . در قوّه ى قضاييه از سؤال، تذكر و استيضاح و امثال اين مكانيسم ها خبرى نيست; يعنى هيچ مقامى نمى تواند از قاضى و تشكيلات قوّه ى قضاييه سؤال و تذكر و استيضاح كند. البته اگر قاضى تخلفى كرد يا كسى از قاضى شكايتى داشت، مى تواند به دادگاه انتظامى قضات مراجعه كند كه در آن صورت، خود قوّه ى قضاييه، بر اساس اصل استقلال قاضى در يك دادگاه مستقل ديگرى به موضوع رسيدگى مى كند;
3. امور ادارى و استخدامى قوّه ى قضاييه مستقل و بى نياز از قواى ديگر است. به دليل اهميت اين مسئله اصل يكصد و پنجاه و هشتم قانون اساسى مى گويد: وظايف رييس قوّه ى قضاييه به شرح زير است:
ايجاد تشكيلات لازم در دادگسترى به تناسب مسئوليت هاى اصل يكصد و پنجاه و ششم; يعنى تشكيلات قوّه ى قضاييه و دادگسترى را رييس قوّه ى قضاييه ايجاد مى كند; نه سازمان امور استخدامى و امثال اين ها;
تهيه ى لوايح قضايى متناسب با جمهورى اسلامى; در اين مورد تصريح شده است كه تنظيم لوايح قضايى به عهده ى رييس قوّه ى قضاييه است;
استخدام قضات عادل و شايسته، عزل و نصب آن ها، تعيين محل مأموريت، تعيين مشاغل و ترفيع آن ها بر طبق قانون; منظور از قانون، قانونى است كه در زمينه ى تصميم گيرى هاى قوّه ى قضاييه مى باشد و اين در اصل يكصد و پنجاه و هفتم تصريح شده است كه براى انجام مسئوليت هاى قوّه ى قضاييه در كليه ى امور قضايى و ادارى و اجرايى، رييس قوّه ى قضاييه، هم مسئوليت قضايى دارد، هم مسئوليت ادارى و هم مسئوليت اجرايى در رابطه با بخش قضا. در بخش قضا، قوّه ى قضاييه رأساً اقدام مى كند، حتّى در امور استخدامى اش.
سازمان استخدام ادارى، مطابق رسته هايى كه خود قوّه ى قضاييه اعلام مى كند، مشاغل قضايى را ترسيم مى نمايد و خودشان مستقيماً قوانين استخدام قضات را مشخص نمى كنند; البته اين ها تابع نظام هم آهنگ پرداخت و امثال اين ها هستند; ولى در قانون استخدامشان، تصميم گيرنده ى نهايى رييس قوّه ى قضاييه است;
پرونده هاى قضايى در درون قوّه ى قضاييه مفتوح و مسدود مى شود و احكام صادره با استقلال حاكم صورت مى گيرد. يعنى هيچ كس به جز قاضى نمى تواند در مورد پرونده ى قضايى اعمال نظر كند. دادگاه تشكيل مى شود و اگر اعتراضى باشد، تجديدنظر صورت مى گيرد; سپس دادگاه استيناف و ديوان عالى كشور و در نهايت اگر اختلافى باقى ماند، قضيه به وحدت رويّه ى قضايى منجر خواهد شد. در هر صورت پرونده در درون خود قوّه ى قضاييه مفتوح و مسدود مى شود و خارج از سيستم قوّه ى قضاييه، وزارت خانه ها، سازمان ها و تشكيلات ديگر، حق تصميم گيرى در زمينه ى كارها و پرونده هاى قضايى را ندارند. در مورد پرونده هاى قضايى وضعيت به گونه اى است كه جز كسانى كه در پرونده داراى سمت هستند (قاضى، شاكى، متهم و وكيل طرفين) كسى حق دخالت ندارد;
بازرسى كل كشور [40] و ديوان عدالت ادارى، [41] يكى ديگر از ضمانت هاى اجرا استقلال قوّه ى قضاييه است. هم چنين محاكمه ى اعضاى قوّه ى مجريه در جرايم عادّى، [42] محاكمه ى رييس جمهورى در تخلفات قانونى بر اساس اصل يكصد و ده [43] و اصول ديگرى كه مربوط به ديوان عالى كشور مى شود، نيز از وظايف قوّه ى قضاييه است كه در آن ها استقلال كامل دارد و همين امر باعث شده كه بعضى ها در مقام عمل