انقلابى ترين انديشه ها را در محيطهاى آكنده از تـقـدّس و تـحـجـّر ابـراز مـى كـرد و هـمـواره حـوزه هاى علميه را نسبت به خطرات متحجّران برحذر مى داشت و مى فرمود: در حوزه هاى علميه هستند افرادى كه عليه انقلاب و اسلام ناب محمدى (ص) فعاليت دارند. امروز عدّه اى با ژست تقدّس مآبى چنان تيشه به ريشه دين و انقلاب و نظام مى زنند كه گويى وظيفه اى غير از اين ندارند.
خطر تحجّرگرايان و مقدّس نمايان احمق در حوزه هاى عـلمـيـه كـم نـيـسـت . طـلاب عـزيـز لحـظـه اى از فـكـر ايـن مـارهـاى خـوش خـط و خـال كـوتـاهـى نـكـنـنـد، ايـنـهـا مـروّج اسـلام آمـريـكـايـى انـد و دشـمـن رسول الله .(78)
امـام خـمـيـنى (ره) با نگرش جديد در فقه شيعه و طرح مبانى خود در فقاهت ، غبار ركود و تـوقـفـى را كـه ساليان سال بر چهره فقاهت و اجتهاد سنّتى نشسته بود، زدود و به آن حـيـاتـى دوبـاره بـخـشـيـد.
مـقـام مـعـظم رهبرى حضرت آية الله العظمى خامنه اى در ضمن شمارش كارهاى بزرگ حضرت امام (ره) مى فرمايد: هفتمين كار بزرگ او، نگرش جديد در فقه شيعه بود. فقاهت ما، پايه هاى بسيار مستحكمى داشـتـه و دارد.
فـقـاهـت شـيـعـه ، يـكـى از مـحـكـم تـريـن فـقـاهـت هـا و مـتـكـى بـه قـواعد و اصـول و مـبـانـىِ بـسـيـار مـستحكمى است . امام عزيزمان ، اين فقه مستحكم را در گستره اى وسـيع و با نگرشى جهانى و حكومتى ، مورد توجه قرار داد و ابعادى از فقه را براى ما روشن كرد كه قبل از آن ، روشن نبود.(79) فـقـاهـت در مـنـطـق امـام (ره) عـبـارت بـود از: رعـايـت اصـول و مـبـانى مستحكم فقه همراه با شناخت درست حكومت و جامعه ، قدرت تشخيص مصلحت جـامـعـه ، تـمـيـز افـراد صـالح و مفيد از ناصالح ، برخوردارى از بينش صحيح و قدرت تصميم گيرى و در نتيجه پياده كردن فقه در متن جامعه و پاسخگويى به معضلات جديد مردم براساس فقه ناب محمّدى (ص).
بـر هـمـيـن اسـاس ، ايـشـان ضـمـن كافى ندانستن اجتهاد مصطلح حوزه ها براى حلّ معضلات اجـتـمـاعـى و ارائه راه حـلّ درسـت زنـدگـى ، بـه حوزه ها و روحانيت سفارش مى كند كه با توجه به نقش دو عنصر زمان و مكان در اجتهاد و در نظر گرفتن روابط حاكم بر سياست ، اجـتـمـاع و اقـتـصـاد نـظام ، جلوتر از حوادث ، مجهّز به پاسخگويىِ مناسب و ارائه راه حلّ بـاشـنـد. وى بـر ايـن بـاور بـود كـه حوزه ها و روحانيت بايد با برخوردارى از نگرش جـهـانـى و حـكـومـتـى ، نبض تفكر و نياز آينده جامعه را هميشه در دست خود داشته باشند و همواره چند قدم جلوتر از حوادث ، مهيّاى عكس العمل مناسب باشند.
يـكـى ديـگـر از خـدمـات ارزنـده امـام خـمـيـنـى (ره) ايـجـاد تـحـوّل و دگـرگـونـى رسـاله هـاى عـمـلى و خط فكرى حوزه هاى علميه از نظر تدوين و نـگـارش رسـاله بـود. امـام (ره) بـخـوبـى مى ديد كه استعمارگران جهانخوار و دشمنان ديـريـنـه اسـلام ، بـه منظور منحرف كردن توده هاى مسلمان و بى خبر نگه داشتن آنان از احكام رهايى بخش اسلامى ، نخست از حوزه ها شروع كردند و خطفكرى حاكم بر محيط درس و بحث و فقاهت و رساله نويسى را بر مبناى (جدايى دين از سياست) استوار ساختند. آن هـا سـرچـشـمـه را گـل آلود كـردنـد و سـاليـان دراز رسـاله هـا را از مـسـائل سـيـاسـى ، قـضـايـى و اجـتـمـاعـى تـهـى سـاخـتـنـد و بـه مـسائل طهارت و نجاست و بخشى از مسائل عبادى محدود كردند. در نتيجه ، جامعه اسلامى از مـبـانـى اسـلامـى دور مـانـد، تـا آنـجـا كـه گـنـجـانـدن مسائل سياسى اسلام در درس هاى خارج و اجتهاد و رساله هاى عملى ، زشت ، ناموزون و حتى غـير جايز، انگاشته شد! و نغمه شيطانى تفكيك دين از سياست در جامعه اسلامى ، بويژه در حوزه هاى علميه ، طنين افكند.