در برخى شهرهاى بين راه و نيز در آغاز ورود به جده مكان هايى را براى قرنطينه حجاج مشخص كرده بودند كه درنتيجه حاجيان را از كشتى پياده نموده، لباس ها و اثاثيه آنان را ضدّعفونى مى كردند و از خود آنان نيز معاينه به عمل آورده و در صورت داشتن بيمارى چند روزى آن ها را در آن جا نگه مى داشتند، اين كار گرچه كارى شايسته و لازم بوده، ليكن به دليل بدرفتارى ها و سخت گيرى هاى مأموران بهداشت و معطلى زياد در قرنطينه ها، خود به صورت يك مشكل درآمده، به شكلى كه حاجيان تلاش مى كردند خود را از دست مأموران رهانيده و بگريزند. جزائرى در سفرنامه خود در اين زمينه مى نويسد: يكى از دشوارى هاى قرنطينه براى يك حاج ايرانى يا غير ايرانى اين بود كه آنان را به طور جمعى لخت كرده، در يك صف از برابر پزشك عبور مى دادند، لباس ها و وسائل آنان را نيز در صندوق بزرگى گذاشته آن را در ماشين بخار مى گذاشتند تا به طور كامل ضدعفونى شود. پس از آن، چندين روز ـ گاه تا ده يا دوازده روز ـ آنان را نگاه داشته و سپس سوار كشتى مى كردند. كاروان حجاج پس از بازگشت نيز در برخى مناطق براى قرنطينه معطّل مى شدند. اعتمادالسلطنه از حج سال 1363 هـ . ق . خود چنين گزارش مى دهد: هركس از سمت حجاز و شام بيايد، دوازده روز در قرانتين نگهدارند، خواه محترم باشد، خواه غيرمحترم. ناظرى هم براى اين كار معين است كه بعد از مرخصى از قرانتين (قرانطين) نفرى بيست و دو قروش و نيم از مردم مى گيرد كه به عبارة اخرى، چهارهزار و چهارصد دينار ايران باشد.