در ادعيه:
1- حدائق الصالحين فى شرح صحيفة سيد السّاجدين.شيخ بهايى درصدد بوده تا تمامى ادعيه صحيفه سجّاديه را شرح كند. كتاب را به »حديقه«هايى تقسيم نموده و آن را در يك دفعه تحرير نكرده؛ همان گونه كه غالب كتابهايشان اين گونهاند، و ظاهراً تأليف را هم به پايان نبرده است؛ آنچه از اين نگارش مشهور است سه حديقه استخراج شده از آن كتاب است :الف) شرح دعاى صباح؛ حسين بن سيّد حيدر كركى آن را ذكر كرده است.[28] ب) حديقة الاخلاقية؛ شرح دعاى مكارم الاخلاق يعنى دعاى بيستم صحيفه سجّاديه است.[29] ج) حديقة الهلالية؛ شرحى است بر دعاى چهل و سوم صحيفه سجّاديه كه به هنگام رؤيت هلال مىخوانند، آن را در سال 1003ه.ق تأليف نموده و حديقه مشهورى است كه جداگانه به چاپ رسيده است[30].2- مفتاح الفلاح.در عبادات و ادعيه و در عداد كتابهاى معتبر ادعيه و مناجات يوميه از بامدادى تا بامداد ديگر است. مؤلّف ادعيه با سند را با مصدر هر يك آورده و در اين كتاب كه هفت باب است مفردات غريب و مشكلات موجود در احاديث و ادعيه ذكر شده در كتاب را روشن مىكند. پايان تأليف سال 1015 ه.ق در شهر گنجه است.[31]در نحو:صمدية فى النحو.[32]
شامل فايدههاى پر ارزشى از قوانين اعراب است و مانند معمول كتب نحو، مطالب، مختصر و موضوعى آمده ولى توزيع موضوعات ابتكارى و ويژه شيخ است.