علاوه بر منابع ياد شده، منابعي قابل توجه هم در باره تاريخ فرقه ها از علماي شيعه اماميه اثني عشري در دست است كه اين منابع براي نويسندگان اهل سنت و ساير محققين پيشين به عللي ناشناخته بوده است. شيعيان اثني عشري در مقايسه با اهل تسنن، برخورد نزديك تري با اسماعيليان داشتند و از تاريخ و عقايد آن ها مطلع تر بودند. از اين منابع، دو اثر شيعي اثني عشري براي موضوع مورد بحث و داراي اهميّت است، اين آثار كه در باره فرقه ها و مذاهب است، تنها آثاري هستند كه علماي شيعه در آن ها به گستردگي، موضوع را تحقيق و بررسي كرده اند، از اين دو اثر بر مي آيد كه شناخت شيعيان اثني عشري از اسماعيليان بيش تر از سنيان بوده و از بعضي تعصبات هم - البته نه همه شان - به دور بوده اند. نخستين آن ها فرق الشيعه منسوب به ابو محمد الحسن بن موسي نوبختي (متوفي قبل از سال 310 هـ) مي باشد.32 در اين كتاب، تشيع و فرقه هاي مربوط از زمان شهادت حضرت علي عليه السلام تا غيبت امام دوازدهم عجل الله تعالي فرجه الشريف بررسي شده است. اين اثر بي غرضانه نوشته شده و داراي اطلاعات زيادي در باره تاريخ پيشين اسماعيليان است.33 منبع مهم ديگر كه هم زمان با فرق الشيعه نوبختي نوشته شده كتاب المقالات و الفرق از سعدبن عبداللّه ابي خلف الأشعري قمي است. اين كتاب با فرق الشيعه نوبختي شباهت زيادي دارد، تا آن جا كه احتمال مي رود اين دو كتاب كه در يك عصر تأليف شده، يك كتاب باشد. البته عبارات متن كتاب المقالات والفرق كمي زيادتر از كتاب فرق الشيعه است. به هر حال نويسندگان اين دو كتاب از منابع اهل سنّت بيش تر از منابع شيعه استفاده كرده اند و اطلاعات آن ها در بعضي موارد بهتر از اطلاعات علماي سني معاصرشان نيست. اثر ديگر، كتاب فارسي تبصرة العوام في معرفة مقالات الانام تأليف جمال الدين مرتضي محمدبن حسين بن حسن رازي مؤلف نزهة الكرام و بستان العوام است.34تا بدين جا روشن شد كه آغاز نهضت اسماعيليه در منابع تاريخي به روشني بيان نشده است، مع الأسف اواخر آن ها يعني دولت اسماعيليه جديد يا حشاشين اَلَموت از دوره آغازين نيز پر ابهام تر است. در ميان تاريخ نويسانِ اين دوره، تنها رشيدالدين فضل اللّه (متوفي 714 ه ق) سياست مدار و مورخ بزرگ ايران در عصر مغول، مستثني مي باشد. او تنها فرد روشني بود كه قسمت هايي از تاريخچه هاي آن ها را انتخاب و نگه داشته است.35ليكن جامع التواريخ رشيدالدين فضل اللّه را نمي توان سند جدا و مستقلي دانست زيرا وي بعضي از فصول آن را از روي جهانگشاي جويني استنساخ كرده است، بنابراين مأخذ عمده درباره اواخر اسماعيليان كتاب جهانگشاي جويني است.
دست نوشته هاي جويني عمده ترين مأخذ
جويني بيست و چهار سال در بغداد از طرف مغول ها حكمراني كرد. از جهانگشاي او به صراحت معلوم مي شود كه جويني همه جا در جريان قلع و قمع اسماعيليه همراه هولاكو بوده است. وقتي كه هولاكو به محاصره قلعه «ميمون دِژ» كه محكم ترين قلعه اَلَموت و محل سكونت پادشاهان اسماعيليه مشغول بود و اهل قلعه مجبور به تسليم شدند، عطاملك از جانب هولاكو فرمان يافت تا صلح نامه اي بر وفق ملتمس ايشان نوشته به داخل قلعه به نزد ركن الدين آخرين شاه اسماعيليه اَلَموت بفرستد. بعد از فتح اَلَموت و استيصال اسماعيليه ـ در سنه 645 ـ عطاملك براي آن كه مبادا كتابخانه اَلَموت كه آوازه آن در گوشه و كنار شايع بود، عرصه تلف و غارت گردد و آن آثار نفيسه به كلي از ميان برود به هولاكو عرضه داشت كه نفايس كتب اَلَموت را تضييع نتوان كرد. هولاكو آن سخن را پسنديده، فرمان داد تا علاءالدين به قلعه رفته مستودعات خزانه و مستجمعات كتابخانه ايشان را كه از عهد حسن صباح تا آن وقت در طول 170 سال به تدريج فراهم آمده بود، مطالعه و آن چه لايق خاصه پادشاه باشد، جدا كند. جويني به مطالعه كتابخانه و خزانه ايشان رفته آن چه مصاحف و نفايس كتب و آلات نجومي رصد خانه بود، استخراج كرده، باقي كتب را كه متعلق به اصول يا فروع مذهب ايشان بود به اقرار خود همه را بسوخت. از كتبي كه علاءِالدين جويني از كتابخانه مذكور استخراج كرده و خوشبختانه آن را نسوخته است، كتابي است مشتمل بر وقايع احوال حسن صباح به نام سرگذشت سيدنا كه خلاصه مختصري از آن را خود جويني در جلد سوم جهانگشاي36 و خلاصه مفصل تري از آن را رشيدالدين فضل الله در جلد دوم از جامع التواريخ در تاريخ اسماعيليه اَلَموت نقل كرده اند37.