كربن به انديشه هاي تأويلي سخت گرايش داشت و بدين جهت به چاپ كتاب كشف المحجوب اثر داعي مشهور اسماعيليه، ابويعقوب سجستاني و هم چنين جامع الحكمتين اثر ناصر خسرو قبادياني ـ داعي خراسان ـ و نيز سه رساله اسماعيلي اقدام كرد. او در كتاب تاريخ فلسفه اسلامي خويش از آراي باطنيان با ستايش و تمجيد فراوان ياد مي كند و حتي از حسن اسماعيلي ـ كه اسماعيليان از او با عبارت «علي ذكره السلام» ياد مي كنندـ و اعلام اباحي گري و الغاي شريعت از سوي او، دفاع كرده و مي نويسد: او در تاريخ 17 رمضان 559 ـ 558 هجري كه امام بود، حلول رستاخيز بزرگ يا «قيامة القيامة» را در ايوان بلند اَلَموت و در مقابل همه پيروان كه بر ايوان، فراهم آمده بودند، اعلام نمود. اين مقاوله نامه، هم چنان محفوظ مانده و به ما رسيده است. مطلبي كه اعلاميه حسن متضمن آن بود، بعثت روحاني محض و آزاد از هر گونه تشريع و از هرگونه تعبد قانوني در همان هنگام بود. مذهب رستاخيز، تولد روحاني بود، زيرا معاني مكتوم اِلهامات و مَنْزَلات نبوي را زنده و آشكار ساخت52.از پژوهش در آثار اسماعيليه به دست مي آيد كه اساس باطني گري بر اين معنا استوار است كه همه احكام شريعت داراي باطني مستور و مخفي اند و هرگاه كسي به ترقي روحاني نايل شود، اجازه دارد تا از ظاهر شريعت در گذرد و خود را در برابر هيچ حكمي از احكام اسلام مسئول نداند و همه را با كمك «تأويل» به معني باطني حمل كند زيرا مقصود اصلي، وصول به باطن است و ظواهر، بهانه و دستاويزي بيش نيست. چنان كه داعي بزرگ اسماعيلي، سنان بن راشد گفته است: من عَرَفَ الصورة الباطنية فقد عرف حكم الكتاب و رفع عنه الحساب و سقط عنه التكليف53.هانري كربن بدون پرده پوشي در اين باره گفته است: «عرفان اسماعيلي همه احكام ظاهري را داراي معاني مكتوم و حقيقت باطني مي داند. پس چون اين معاني باطني برتر از معاني ظاهري احكام است و ترقي روحاني پيروان به درك آن معاني وابسته است، بنابراين ظاهر شرع به منزله قشري است كه بايد يك بار و به طور قطع، آن را در هم شكست، اين كار همان است كه تأويل اسماعيلي آن را انجام داد. به اين طريق كه احكام شريعت را به حقيقت آن احكام بازگردانيد، يعني به ادراك معني حقيقي تنزيل يا شريعت رسانيد، بنابراين عقيده آنان، تكاليف و احكام شريعت براي معتقد استواري كه بر مبناي معاني روحاني و باطني رفتار كند، محذوف است.54كربن همگام با باطنيان عقيده داشت كه ظاهر و باطن اسلام با يك ديگر در ضديت و تعارض اند؟!! او چون فرقه شيعه را «گروهي باطن گرا» مي پنداشت از اين رو گمان مي كرد كه شيعيان راستين و نيز فلاسفه و صوفيان حقيقي كساني هستند كه با احكام ظاهري اسلام به نبرد و ضدّيت برخاسته اند، چنان كه مي نويسد: نبرد معنوي كه به وسيله اقليّت شيعه به سود اسلام روحاني و بر ضد مذهب تشريعي، رهبري شده و همراه با تشيع به وسيله فلاسفه و صوفيان انجام يافته، هر چند كوششي پراكنده و بي نظم بوده است، با اين همه امري مسلم بوده و سراسر تاريخ فلسفه اسلام را فرا گرفته است.55به نظر كربن، اين شكل از باطني گري مورد تأييد ائمه شيعه بوده و آنان در آثار خود تمام نكته ها و رازهاي آنان را باز گفته اند، او در اين باره مي نويسد: شايد نكته اي از باطني بودن اسلام موجود نيست كه در گفت وگوها و مواعظ و دروس ائمه شيعه قيد نشده يا شمّه اي از آن گفته نشده باشد.56 به قول يكي از محققان: