اين نوجوان شيفته معرفت، پس از فراگيري دروسي در حوزه علميه تبريز به سال 1359هـ.ق در حالي كه پانزده بهار را پشت سر مينهاد، زادگاه خويش را به قصد اقامت در تهران ترك نمود.8 و در مدرسه مروي اين ديار مطالعه و فراگيري متن رسايل و مكاسب را پي گرفت، در اين موقع آقاسيدعباس اصفهاني و مرحوم فشاركيِ معروف، در اين مدرسه طلاب را افاضه ميفرمودند، روحاني وارستهاي كه فقه و اصول را در سطحي قوي به شاگردان ارائه نمود. مرحوم آيةالله شيخ محمدرضا تنكابني (پدر مرحوم فلسفي«ره») بود كه محمد تقي در درس وي حاضر ميگرديد.9 و موفق گرديد بخشي از كفايه و مكاسب را نزد وي بخواند.10در اين مدرسه محمد تقي جعفري، محضر ميرزا مهدي آشتياني را درك كرد و با اشتياق كامل از پرتو انديشههاي فلسفي وي بهره برد و حدود دو سال در خدمتش بود. اين حكيم متكلم و مفسر اديب گذشته از مراتب علمي در كمالات معنوي ممتاز بود و در عرفان فلسفه و حكمت از ديگران گوي سبقت ربوده و يگانه عصر خويش در تفكرات فلسفي به شمار ميرفت.11محمد تقي پس از سه سال خوشه چيني از خرمن خردمندان و انديشمندان حوزه درسي تهران در سال 1362هـ.ق به شهر مقدس قم مهاجرت نمود. شيخ عبدالصمد خويي، از استادانش در قم بود. معقول را نزد شيخ مهدي مازندراني خواند و انديشههاي عرفاني و ذوقي خود را در محضر آقا شيخ محمدتقي زرگر تقويت كرد، مرحوم آيةالله شهيد صدوقي نيز وي را به فيض رسانيد و توسط آن فقيه شهيد و آيةالله حجت كوهكمري تبريزي در مدرسه دارالشفاي اين ديار مقدس ملبّس به لباس روحانيت گرديد.12محمدتقي جعفري اين سعادت را به دست آورد كه در حوزه علميه قم و در مدرسه فيضيه، به كلاس درس اخلاق حضرت امام خميني(قدس سره) حضور يابد، خود ميگويد:«يادم هست روز اول كه وارد شدم آيات آخر سوره حشر را تفسير مينمود، درس هايشان از نظر عرفان در اوج بود، سيماي امام نشان ميداد كه از مواهبي برخوردارند كه ديگران از آن محرومند.»13در قم روزگار اين تشنه معرفت به سختي و مشقت ميگذشت و يك بار برايش اتفاق افتاد كه مدت دو شبانه روز نتواند غذايي تهيه كند. روز سوم كه خواست مواد غذايي از بقالي نسيه بگيرد وي امتناع كرد و محمدتقي به حجره خويش برگشت، حوالي غروب كه به دليل گرسنگي ضعف و ناتواني بر او غلبه كرده بود از حجره مجاورش طلبه سيدي كتاب معالم را به نزدش آورد تا با كمك وي امام خميني :اگر كشور ما علم را بياموزد، ادب را بياموزد، جهتيابي علم و عمل را بياموزد، هيچ قدرتي نميتواند بر او حكومت كند.(كلمات قصار)اشكالش را برطرف كند و چون محمدتقي وضع نامساعد خود را برايش بازگفت اين طلبه محمد تقي را به حجره خود برد و غذايي را كه طبخ نموده بود با او صرف نمود.14