از معيارهاى مبازاتى ديگر در نگاه سيد مصطفى سامان دارى سياسى و تشكل درمبارزه است. نظم و هماهنگى در همه كارها بويژه در امور سياسى از شاخه هاى ولايت اسلامى و از شرايط پيروزى است بدون هماهنگى و هرج و مرج در كار نهضت راه به جايى نمى برد و دچار آسيب مى شود.او آگاه بود كه بسيارى از نهضتهاى مردمى و مذهبى بر اثر بى سامانى در هدف و شيوه در هنگامه هاى سهمگين نابود شده و راه به جايى نبرده اند و اين حركتهاى سازمان يافته بوده اند كه توانسته اند راهى دنبال كنند و به هدف برسند. از اين روى آن جناب در كارمبارزه (طرح و برنامه ريزى) را بر هر چيز پيش مى داشت تا هدف روشن گردد سرمايه ها و توانها ارزيابى شوند و….او براى مبارزه بارژيم و تشكيلات گسترده ساواك و سيا نيروهاى اسلامى را به وحدت و همسويى فرا مى خواند تا جايگاه رهبرى در آن معلوم باشد. افراد آموزش سياسى و… ببينند و مسؤوليتها بر اساس توانها و شايستگيها تقسيم گرد تا انقلاب اسلامى وابسته به فرد يا افرادى نباشد و درصورت از ميان رفتن فردى از آنان انقلاب از حركت باز نايستد.آن شهيد در نامه اى به دانشجويان مبارز مسلمان با اشاره به استفاده از تجربه هاى مبارزاتى ملتها نوشته است:(… اين روزها كه از حركتهاى اين قاره و قاره افريقا اطلاع دارند مى بايست به دست آورند: آنچه كه براى پيشبرد مقاصد خود لازم مى دانند هيچ با گوشه گيرى و لغت پردازى و تعيين مشى و توصيه كه با كاغذ و ياوه هايى كه به دست تاريخ سپرده مى شود ديگر نمى توان كارى پيش برد و عملى صحيح انجام داد. با تحزب و تشكل و ايجاد گروهها و انجمنها براى خرد و ريز و درشت و محفلهاى بزرگ و كوچك است كه [مى توان] يك شبكه سرتاسرى ساخت و يك جوش و خروش سروسامان دار به راه انداخت.)55او در دايره كار خويش سامان مند وظيفه آشنا بود. كارى بدون هماهنگى انجام نمى داد و احساسات بى مورد او را به تك روى وا نمى داشت. امام فرمانده و رهبر او بود و همه كارها را با رايزنى و صلاح ديد ايشان انجام مى داد. همان گونه كه امام درزمان آيت اللّه بروجردى فرمانبردار ايشان بود و ديدگاههاى ايشان را به عنوان رييس حوزه برتر از ديدگاههاى فردى خود مى شمرد56 آقا مصطفى خمينى نيز دربرابر امام چنين روشى را داشت.ايشان با آن كه خود فقيهى جامع شرايط بود و در احكام فردى نيازمند تقليد از ديگران نبود ولى هيچ گاه در مسير نهضت از امام فراتر نرفت و درمسائل عمومى و امور مبارزه پيرو راستين او بود و در صدد بود كه (بيت امام) را با حركت امام هماهنگ سازد و نمونه اى از سامان مندى همسويى را در اين كانون كوچك تجسم بخشد.او تمام اميد مبارزان را به اين خانه مى دانست و در پى آن بود تا در شيوه اداره آن تغييراتى به وجود آورد تا اين پايگاه از شكل سنتى گامى جلو نهد و نيروها براساس كاردانى در امور گوناگون گزينش و هر يك به كار شايسته گمارده شوند و بتوانند پاسخ گوى پرسشها و نيازهاى علمى و فرهنگى طبقات گوناگونى باشند.(او بر اين باور بود كه حضرت امام همانند ديگر رهبران سياى مى بايد ديسپيلين خاص درتشكيلات خود ايجاد كرده و با تقسيم صحيح كارها نيروهاى مناسبى را براى هر يك از آنها منصوب كند و بودجه خاصى را بدين امور اختصاص دهد. ايشان از اين كه مى ديد مبارزان خارج از كشور خصوصا دانشجويان ايرانى دسته دسته از راههاى دور و نزديك به بيت امام مى آيند و حال آن كه همانند ديگر مراجعه كنندگان با آنان برخورد شده… اندوهناك مى شد و همواره در صدد بود تا بتواند تشكيلاتى منظم و حساب شده در بيت پدر ايجاد كند.)57