محقق اردبيلى ويژگيهايى در شيوه فقاهتى داشته كه وى را در ميان فقيهان تا حدودى ممتاز ساخته است. برخى از صاحب نظران با اشاره به همين ويژگيها و آراء نويى كه از همين رهگذر در فقه ارائه كرده است وى را بنيان گذار مكتب ويژه اى در فقه دانسته اند و نقش وى را در بالندگى و پويايى فقه ستوده اند.6همين ويژگيها كه خود به منزله سبكى نو در فقه و مباحث اجتهادى به شمار مى آمد سبب شد كه شمارى از فقيهان هم روزگار محقق اردبيلى و نيز فقيهانى كه در سالهاى بعد تا زمان كاشف الغطاء و ميرزاى شيرازى به صحنه آمدند از ديدگاهها و شيوه اجتهادى وى اثرپذيرند تا آن جا كه فقيهان نامدارى همچون: صاحب مدارك و صاحب معالم محقق سبزوارى و ملا محسن فيض كاشانى در بسيارى از مسائل پيرو مكتب فقهى وى به شمار مى آيند ودر فتاواى نادر و غير مشهور با او هم عقيده اند.7 اينك به آن ويژگيها اشاره مى كنيم:* آزادانديشى: از ويژگيهاى مهم محقق اردبيلى آزادگى شجاعت و آزاد انديشى است. با اين كه بر استفاده فراوان از دليلِ سنت پاى مى فشارد و بيش ترين استفاده ها را در استدلالها از روايات مى برد سعى مى ورزد هيچ گاه تحت تأثير محدثان و فقيهان پيش از خود قرار نگيرد و انديشه و فهم آنان از روايات ذهن و فكر وى را جهت ندهند و آزادانه و به دور از پيش داورييها با تكيه بر فهم خويش ديدگاهها و احكام اسلام را در بابهاى گوناگون از روايات استخراج كند. بر همين اساس وى در هر بحثى كه وارد مى شود در برابر ديدگاه اصحاب و فقهاى پيشين بيش تر ديدگاهى مستقل ارائه مى دهد و تقليد و اجتهاد و جابه جايى روايات و آراى ديگران را بدون اين كه مورد موشكافى قرار گيرند ناپسند مى داند.تعبير زيباى: (فتأمل ولا تقلد) بينديش و مقلد ديگران مباش كه در باب گزين اندازه آب كُر و در مخالف با مشهور ابراز داشته8 به خوبى بيانگر آزاد انديشى و شيوه مستقل وى در استفاده از دليل سنت است.اردبيلى با اعتقاد به اين اصل: (فقيه آنچه را مى فهمد بايد فتوا بدهد)9 بدون هيچ ترسى وقتى به نظرى مى رسيد ابراز مى كرد تا آن جا كه گاه آراى نادر و خلاف مشهورى نيز ابراز داشت و به گفته حضرت امام خمينى: (مقدس اردبيلى بين تقدس و جرأت در فتوا را جمع كرده است.)10*عقل گرايى: محقق اردبيلى فقيهى عقل گرا بود. او در كنار استفاده فراوان از روايات و سيره معصومان(ع) كه نمونه آن را در كتاب فقهى وى: مجمع الفايدة والبرهان مى توان ديد به جنبه هاى عقلى هم توجه داشت و در ثابت كردن ديدگاههاى خويش بر روش برهانى نيز تكيه مى كرد. در حقيقت محقق اردبيلى بين عقل و نقل جمع كرده بود و از هر دو راه به گونه شايسته بهره مى برد.از سويى توجه وى به دليل سنت و بسيارى استفاده از روايت در استنباط احكام گرايش وى را به مسلك اخبارى به ذهن مى آورد و از سوى ديگر استفاده از برهان عقلى و توجه به دليل عقل در كنار روايات وى را مجتهدى اصولى و عقلى گرا نشان مى دهد.شيخ يوسف بحرانى در باره اين ويژگى وى مى نويسد: