شيخ ابراهيم زنجاني دادستان دادگاهي كه شيخ فضلاللّه را محاكمه و محكوم كرد پس از خواندن صورت اتهامات شيخ فضلاللّه چنين آغاز كرد:وقتي مرحوم مظفرالدين شاه وبعد از او همين محمدعلي ميرزاي مخلوع، استدعاي ملت را قبول كردند و قانون و عهدنامه اساسي را امضأ كردند جنابعالي هم با چند نفر از مورخين علمأ در استحكام اين اساس دخالت داشته، زياده از هشت ماه و اغلب خودت حاضر مجلس ديگران، مواد قانون اساسي نوشته و تصحيح شد. چه شد كه ناگهان شق عصاي امت كردي؟ جمعي از اشرار را به دور خودت جمع نمودي....اگر مشروعيت حلال و واجب بود، چرا به آن شدت مخالفت نمودي؟ چرا بعد از اينكه مخالفت كردي مكرر به تو نصايح كردند، يك شب بنده خودم هم بودم، در خانؤ آقا ميرزا سيد محمد طباطبايي، آقا سيد عبداللّه بهبهاني هم بود. بيست و پنج نفر از معتبرترين وكلا هم حاضر بودند. قسم غليط و شديد به كلام اللّه مجيد ياد كردي كه هميشه موافقت با مشروطه نمايي؟شيخ فضلاللّه در پاسخ گفت: پس بقيه حرفهايي را هم كه زدهام بيان كنيد.ـ جنابعالي حضرت شيخ فضلاللّه، متهم هستيد كه اولاً اغتشاش راه انداختهايد. ثانياً به امر شما چند نفر به قتل رسيدهاند!! به مشروطهاي كه آقايان علما خواستار آن بودند مخالفت كردهايد. به اين دلايل در پيشگاه عدالت محكوم به مجازات و فنا هستيد. قبل از اجراي مجازات اعدام، اگر دفاعي از خودتان داريد انجام دهيد.شيخ در پاسخ گفت: من مجتهد هستم و بر طبق الهامات قوه اجتهاديه و شمّ فقاهت، راهي را كه ماطبق شرع تشخيص دادم پيروم و عمل نمودم.آنگاه شيخ گفت:بسماللّه الرحمن الرحيم. بفرمائيد ببينم با محمدعلي ميرزا چه كرديد؟زنجاني گفت: اين به شما مربوط نيست؟