خليفه و سلطان هر يك حوزهاي جداگانه خود را داشتند و به امور مربوط به خود مشغول بودند. تا زماني كه نشاني از تنش بروز نميكرد روابط ميان آنان حسنه بود، خليفه در مواقع ضروري و بويژه جنگها با استفاده از نفوذ معنوي خود مردمان را به ياري سلطان فرا ميخواند (مقريزي، خطط، 4/229) و در سفر حج سلطان را همراهي ميكرد (ابناياس، 1/118). خطبهها به نام هر دو خوانده ميشد و رسم تبريك گفتن در اعياد و ماهها مطابق معمول اجرا ميشد (جوهري صيرفي، 487). در چنين وضعيتي حمايت خليفه از سلطان، موفقيت سلطان را در اداره امور بيشتر ميكرد25 و در واقع خليفه حامي معنوي سلطان و مشاور او در برخي از كارها بودهاست.26اما گاه مناسبات از حالت حسنه خارج ميشد و به رويارويي و نزاع ميكشيد. اين روياروييها را، هم سلطان با تكيه بر موقعيت استوار خويش آغاز ميكرد و هم خليفه. گاه بيمهري سلطان به خليفه تا آنجا پيش ميرفت كه به عزل خليفه و تعيين جايگزين او منجر ميشد.زماني كه مناسبات ميان سلطان و خليفه به سردي ميگراييد، سلطان ابتدا روابط ميان خليفه و مردم را قطع ميكرد و با وخيمتر شدن اوضاع، او را به زندان ميانداخت. به نقل مقريزي، الحاكم 27 سال در محدوديت به سر برد (خطط، 3/422). گاه نيز با شدت يافتن آشفتگي اوضاع، خليفه تبعيد (ابنالعماد حنبلي، 8/222) و در موارد سختتر خلع و زنداني ميشد (ابن اياس، 1/224).با توجه به جابهجايي قدرت در ميان سلاطين مملوكي، بويژه در دوره دوم آنان، معمولاً خليفه متهم به همدستي با شورشيان و كودتاگراني ميشد كه طالب سلطان ديگري بودند (سيوطي، تاريخ، 544). به هنگام بحران روابط، سلطان با برانگيختن علما و قضات عليه خليفه و سعي در جلب حمايت آنان، موقعيت معنوي خود را در برابر خليفه تقويت ميكرد. استناد به حكم قاضي در درگيريها ميان خليفه و امرا سبب سنگينتر شدن وزنه حاكم، و بالمآل خلع خليفه ميشد؛ چنانكه القائم بامرالله در 859ق به حكم قاضي خلع و تبعيد شد (دياربكري، 2/385). اين فتواي فقهي، كار سلطان را موجه و شرعي جلوه ميداد؛ زيرا كه قاضي شافعي علمالدين صالح بلقيني فتوا داد: اگر سلطان خليفهاي را عزل و ديگري را انتخاب كند، در اين كار مختار است (همانجا). با چنين پشتوانهاي فقهي بود كه اينال به كار خود جنبه شرعي داد و قائم را خلع و برادرش مستنجد را منصوب كرد.گاه حاكمي صرفا جهت كاستن از شدت نارضايتي نسبت به خود و يا براي حفظ ظواهر، با خليفه خوشرفتاري ميكرد، چنانكه اشرف بر سباي پس از رسيدن به حكومت، مستعين، خليفه معزول را از زندان اسكندريه آزاد كرد (همان، 384). گاه پس از رفع حالت بحران و يا عادي شدن امور به سبب مرگ يا عزل امير مملوكي كه با خليفه درگير شده و او را تحت نظر نگهداشته بود، خليفه از محدوديت ها آزاد ميشد و اجازه حضور در نماز جمعه و رفتن به مسجد جامع و يا هركجا كه ميخواست، مييافت. نمونه اين وضعيّت، آزادي مستعين در 824ق به دست سلطان طُطَر است (ابن تغري بردي، النجوم، 14/206). شگفت آنكه نام خليفه حتي به هنگام تبعيد و بازداشت او در خطبه ذكر ميشد (سيوطي، تاريخ، 525).در مواقع سختي و بحران، اعتبار خليفه چندان رعايت نميشد. براي نمونه ميتوان به دوران حكومت الغوري اشاره كرد كه ظلم بسيار به مردم روا ميشد و حتّي از المستمسك بالله نيز اموال زيادي به زور ستانده شد (ابن اجا، 216).منحني روابط خلفا و سلاطين مملوكي افت و خيزهاي فراوان داشت و در بيشتر موارد خليفه محدود ميشد، چرا كه سلاطين پس از كسب مشروعيت براي حكومت خود، ديگر نيازي به حضور خليفه احساس نميكردند و از همين رو هر گاه خليفهاي در امور سياسي دخالت ميكرد، با واكنش شديد سلاطين روبرو ميشد.