خلافت عباسيان مصر به دست عثمانيان برچيده شد. در رويارويي مماليك و عثمانيهابه سال 922 متوكل سوم نيز در مرجدابق حاضر شد. گويند سلطان سليم عثماني كه پس از شكست دادن مماليك با او روبرو شد، از او درباره اصلش پرسيد. خليفه گفت: از بغداد، سليم گفت: شما را به بغداد، همانجا كه بوديد، باز خواهم گرداند. اما پس از آن، از بازگرداندن خليفه منصرف شده لباس گرانقيمتي به او داد و او را به حلب فرستاد (ابن اجا، 255). در مدتي كه متوكل زنداني سلطان سليم بود، پدرش يعقوب (مستمسك بالله) به نيابت از او عهدهدار عنوان خلافت و وظايف او شد. او با امير طومانباي به نيابت از متوكل بيعت كرد (همو، 271). با ورود سليم به قاهره، متوكل نيز همراه او وارد شد. با ورود سليم به شهر اعلان امان عمومي شد و سلطان سليم عطاياي متوكل را افزايش داد و حتي شفاعتهاي او را پذيرفت، تا حدي كه خانه وي پناهگاه مردم شد (همو، 284).30 در نخستين جمعه پس از آن به نام سليم خطبه خواندند و او را خادم حرمين شريفين ناميدند.اين اقدامات را ميتوان حركتي در جهت تأليف قلوب مصريان و شايد هم به قصد كسب مشروعيت از خليفه ارزيابي كرد. سرانجام در 12 جماديالاولي 923 به دستور سلطان سليم، متوكل به قسطنطنيه انتقال داده شد و زنگ پايان خلافت عباسي به صدا در آمد و مصر اعتبار و مركزيت ديني و سياسي خود را كاملاً از دست داد (ابناجا، 299).بنا به روايتي كه نزد محققان بيشتر به افسانه شباهت دارد، متوكل به طور رسمي همه حقوق خلافت را در ضمن تشريفاتي در مسجد اياصوفيه استانبول به سلطان سليم و اخلاف او واگذار كرد؛ اما هيچ سند كتبي در تأييد اين ادعا در دست نيست (كمبريج، 425).