صريحترين آيهاي كه به احكام حكومتي اشاره دارد، اين آيه شريفه است: ياايُّهاالَّذين آمنُوا اَطيعُوااللّه و اطيعُواالرَّسول...؛ «اي مومنان، فرمان بريد از خدا و فرمان بريد ازرسولش»(نساء، 4/59). فقيهان و مفسران بزرگ در پاسخ به اين سؤال كه چرا كلمه «اطيعوا» تكرار گرديده؟ مگر حكم خدا و رسول با هم فرق دارد؟ جواب دادهاند: سنخ دستوراتي كه از جانب پيامبر (ص) صادر ميگردد با سنخ دستورات الهي فرق دارد و همين راز تكرار جمله «اطيعُوا» است(الميزان ،4/564). لذا پيامبر از آن جهت كه والي مسلمين بود، در مقام اجراي احكام الهي، اوامر و نواهي و مقررات خاصّي را بيان ميكرد كه تبعيت از آن بر همگان لازم بود و اين سنخ دستورات با دستورات الهي فرق داشت و آيه هم در مقام اشاره به همين مطلب است. در اين باره امام خميني«ره» ميفرمايند: اينكه خداوند رسول اكرم را رئيس قرار داد و طاعتش را واجب شمرده است: «اَطيعُواللّه و اطيعُوالرَّسول»، مراد اين نبود كه اگر پيامبر اكرم مسألهاي گفت قبول كنيم و عمل نماييم. عمل كردن به احكام، اطاعت خداست. همه كارهاي عبادي و غيرعبادي كه مربوط به احكام است اطاعت خدا ميباشد. متابعت از رسول اكرم(ص) عمل كردن به احكام نيست؛ مطلب ديگري است، اگرچه عمل به دستورات رسول اكرم به يك معنا اطاعت خداست.... لذا اگر رسول اكرم(ص) كه رئيس جامعه اسلامي است امر كند و بگويد همه بايد با سپاه «اُسامه» به جنگ بروند كسي حق تخلّف ندارد. اين امر خدا نيست، بلكه امر رسول است (امام خميني، ولايت فقيه، 79).