در 886 ـ 889 هـ ق. مسجد نبوي به عارضه حريق دچار آمد; حريقي كه عامل آن صاعقه اي بود كه روي داد. و اين صاعقه به يك آتش سوزي انجاميد كه تمام سقف هاي مسجد و جز آن را دچار حريق ساخت. وليّ عهد قايتباي دستور داد دست به كار ترميم و بازسازي ويراني ها گردند و مسجد را در سمت شرقي آن نيز توسعه دادند.