در 1245ه.ق بسيارى از مردم به سبب مرض وبا از دنيا رفتند. نراقى نيز در 23 ربيع الثانى همان سال به همان مرض از دنيا رفت. برخى از شرح حال نگاران همانند: خوانسارى در «روضات الجنّات» (66) و شيخ آقا بزرگ در چندين جاى «الذريعه»، (67) همچنين دهخدا در لغت نامه اش (68) و شيخ محمدرضا مظفر در مقدمه كتاب «جامع السعادات» (69) نوشته اند كه نراقى در 1244ه.ق از دنيا رفته است. برخى ديگر گفته اند كه نراقى در 1244 يا 1245 از دنيا رفته است.بى شكّ، وفات ايشان در 1244 نبوده است،چرا كه نراقى، در ربيع المولود 1245جزئى از كتاب مستندالشيعه (كتاب قضا و شهادات) را نگاشته است و در شوّال 1244 به شيخ انصارى اجازه روايت داده و در ذى قعده همين سال به برادرش مولى محمد مهدى ثانى، اجازه روايت داده است، كه اين دو واقعه با تاريخ 23 ربيع الثانى 1244 سازگارى ندارد. (71) بنابراين ترديدى باقى نمى ماند كه نراقى در 23 ربيع الثانى 1245 از دنيا رفته است. جنازه ايشان به نجف اشرف حمل شد و نزديك پدر بزرگوارش محقق نراقى، حاج ملا مهدى دفن شد.