در دوره صفويه در خراسان دانش دين گسترش يافت. عالمان بسيارى در اين سرزمين گردآمدند. افزون بر دانشورانى كه نام آنان گذشت مولى حيدر على بن نعمت الله طبسى صاحب كتاب صحائف الاعمال51 مولى محمد شفيع فرزند فرج جيلانى مشهدى52 كه به شبهه افكنيها و خرده گيريهاى علماى ماوراءالنهر پاسخ داده است53 ميرزا ابراهيم حسينى نيشابورى مشهدى شيخ الاسلام مشهد54 سيد امير ابوالحسن استرآبادى مشهدى55 مولى حسن قارى سبزوارى صاحب كتابهاى: الخطب شرح مشارق الانوار تبصرة القراء و ميرزا ابراهيم رضوى (م:1047هـ.ق.) شيخ حر عاملى (1033 ـ 1104هـ.ق.) نيز در اين عصر مى زيسته اند. شيخ حرعاملى سال 1078هـ.ق. به مشهد آمد و 24 سال آخر عمر پربركت خود را در شهر شهادت سپرى كرد. وسائل الشيعه جواهر السنيه صحيفه الثانيه اثبات الهداة بالنصوص والمعجزات وامل الامل فى احوال علماء جبل عامل از آثار ايشان است.از ديگر علماى اين عهد مير محمد تقى رضوى مشهور به (مير خدائى) است كه به درخواست شاه حسين صفوى براى رفتن به اصفهان راضى نشد و حاكم وقت ناگزير شد به جاى وى هم نام او شخص زاهدى را به اصفهان بفرستد. مردم اين فرد دوم را (ميرشاهى) ناميدند.قبر مير واقع در منطقه نوغان و طبرسى مدفن ميرشاهى است.56
فروپاشى دولت صفوى و سياست دينى نادرشاه افشار
با فروپاشى دولت صفوى به دست محمود افغان و به قدرت رسيدن نادرشاه افشار سياست دينى پادشاهان صفوى كنارگذاشته شد. در اين عصر مدرسه ومراكز دينى از رونق افتادند. تنها مدرسه اى كه در اين دوره در مشهد ساخته شد مدرسه رضوان بود كه با كمك شخص خيرى بنا شد و دولت هيج كارى در اين زمينه انجام نداد.نادر به روحانيان بى توجه بود.فريزر مى نويسد: