امام در حكومت 5 ساله , درگير جنگهاى متعدد بودند و عرصه مصالح , موجب تنوع و تغيير برخوردها بود. بررسى تحليلى اين مقوله , مجال تفصيلى را مى طلبداما در حدود فرصت واقتضاى مقال , به نمونه هاى اصلى تراكتفا مى شود:
1. غنائم جنگ :
امام(ع) در جنگ , براى اسب سواران سه سهم قرار مى داد [36] و در صورتى كه فردى چندين اسب را همراه داشت , فقط براى دواسب , سهم غنيمت كنار مى گذارد [37] . حكم فوق , متناسب با شرائط عصر و كاربرد آن حيوان در جنگهاى آن روز بوده است و بدون ترديد نمى توان براى آن , حكمى ابدى قائل شد و مثلا دراين روزگار, براى اسب سهم غنيمت را پذيرفت . همچنين امام(ع) در غنائم جنگ ,اگر قابل نقل وانتقال نبودند به نابود كردن آن , مى پرداختند. در روايتى از حضرت امير[ ع] نقل شده است : . [ غنيمتى كه حمل آن به خارج از منطقه مشركين ممكن نباشد, كالاها و سلاحها را بايد سوزاند و چارپايان را ذبح كرد]. [38] اين حكم را نيز,احتمالا, بايستى به شرائط متناسب بااجراى آن , توجه كرد. شرائطى كه بقاى غنايم در دست مشركين , زمينه توانائيهاى مجدد آنان را فراهم كنداما در شرائط عادى و بدون مصلحت ملزم , بعيد مى نمايد كه چنين حكم الزامى را در سوزاندن واز بين بردن , قابل طرح دانست .
2.اسراى جنگ :
امام در برخورد بااسراى جنگ جمل , به شيوه عفو و اغماض عمل نمودند.ائمه شيعه سر و مصلحت اين روش را چنين بيان داشته اند: [انما ترك على(ع) لانه كان يعلم انه سيكون له شيعه وان دوله الباطل سيظهر لهم]. [39] حضرت امير[ ع] آنان را واگذارد چون مى دانست كه پيروانى خواهد داشت و حكومتهاى نادرست بر آنان تواتمند خواهند شد. امام , با توجه به مصالح موجود و آينده , بااسراى جنگى برخورد كردند. در جنگ با خوارج دستور دادند كه 40 مجروح جنگى دشمن را به كوفه آوردند و به مداواى آنان فرمان دادند [40]و پس از بهبود, به آنان فرمودند: به هر منطقه اى كه مى خواهند, عزيمت كنند [41] .اين گونه رفتار را, شايد نتوان به عنوان حكم عمومى , تلقى كرد.احتمالا آزادى بدون قيد و شرط افراد محارب , در حوزه اختيارات حكومتى و مبتنى بر مصالح مورد نظرامام ,انجام يافته است . مقابله با مرتدان : در فقه , مرتد واجب القتل دانسته شده است مگر در مرتدى كه سابقه ولادت در حوزه اسلامى را نداشته باشد كه در آن صورت , حق توبه را خواهد داشت و در فرض توبه , به قتل نخواهد رسيد. در عهدامام , خريت بن راشد, خروج كرد و با شعارهاى مختلف , عناصر گوناگونى را جذب كرد.از آن جمله برخى از نو مسلمانان , مرتد شدند و در گرداگرداو جمع گشتند. معقل بن قيس , فرمانده ارتش اعزامى امام , به هنگام رويارويى ,اعلان كرد كه هر كس از خريت بن راشد, كناره گيرى كند, درامان است .اين حكم , شامل مرتدان نيز بود. بدين ترتيب , مرتدان نيزاز حوزه امان فرمانده حكومت علوى , بهره مند شدند بدون آن كه توبه كنند) [42]. امان فرمانده ارتش علوى , در جهت ايجاد تفرقه در صفوف همراهان خريت بن راشد,انجام يافت و سياستى موفق براى درهم شكستن آن شورش بود. در همان واقعه , مطابق يك روايت , معقل بن قيس , پس ازاتمام جنگ , زنان و فرزندان نصرانيان و مرتدان باقيماندگان با خريت را, به اسارت گرفت با آن كه اسارت ذرارى و بازماندگان مرتدان در فقه اسلامى , مطرح نشده است [43] .