مسجد بالاسر از وسيعترين بيوتات آستانه و محل تشكيل مجالس عمومي و نماز جماعت است كه در دوران صفويه با فضايي به عرض 6 و طول 35 متر به عنوان ميهمانسراي آستانه شمرده مي شد و در عهد قاجاريه از ناحيه " تقي خان حسام الملك " پسر فتحعلي شاه ساختمان آن تجديد بنا شد و به صورت مسجدي داراي دو گنبد ساخته شد و به عنوان بزرگترين مكان از اماكن متبرّكه آستانه به شمار آمد. در سال 1338 هـ . ق " با ضميمه شدن زميني كه در جهت غربي مسجد بود " فضاي آن به 14 در 48 متر افزايش يا فت كه بر سه ستون قطور آجري 3 در 2 متر استوار بود. اين بنا ي مقدّس بر پا بود تا زماني كه مسجد اعظم با آن وسعت و زيبايي خاص ساخته شد . از آن جايي كه ديگر ، بناي قديمي مسجد بالاسر ، " بين ساختمان عظيم حرم مطهّر و مسجد اعظم نو بنياد " نماي خوبي نداشت ، متولي و قت ، " آقاي سيد ابوالفضل توليت" به تجديد بناي آن ا قدام نمود ، ساختمان قديمي را از سطح زمين برداشت و به جاي آن عمارتي رفيع به عرض 14 در 48 متر " فا قد ستون " و با خصوصيات فراوان معماري بنا نمود كه امروز يكي از با شكوهترين اماكن متبركه حرم مطهّر محسوب مي شود. (106) يادآوري مي شود كه در جنوب اين مسجد قبور فقهاء و استوانه هاي علم و حكمت واقع شده است : قبور علماي فرزانه اي همچون " مرحوم آية الله حاج شيخ عبدالكريم حائري ( مؤسس حوزه علميه قم ) و مرحوم آية الله حاج سيّد محمّد تقي خوانساري و مرحوم آية الله حاج سيدحسن صدر و آية الله حاج سيد احمد خوانساري " و اخيراً دانشمندان و فقهاء بزرگي همچون " مرحوم علّامه طباطبايي و آية الله العظمي گلپايگاني و آية الله العظمي اراكي و آية الله العظمي بهاء الديني و آية الله العظمي آميرزا ها شم آملي " و از علماء شهيد انقلاب اسلامي همچون " استاد شهيد آية الله مطهّري و شهيد محراب آية الله مدني " در اين تربت پاك آرميده اند و همچون ستارگاني فروزان در كنار ماه منير فاطمي فضاي ملكوتي اين مكان مقدّس را نور باران نموده اند .