مسجد طباطبايي ، گنبدي پنجاه ستوني است كه جاي صحن زنانه " قديم " در جنوب روضه مطهّر " ساخته شده است. اين گنبد در وسط به دهانه 17 و ارتفاع 17 متر است كه با اضافه شدن فضاي اطراف آن به 80/24 ، در 20/24 متر افزايش مي يابد و داراي رواقي است مثلث شكل كه قاعده و ساق آن 15 متر است. اين گنبد را بر فراز ده پايه آجري به قطر 2 ، در ، 2 متر و ارتفاع 30/3 متر بنا كردند و بعداً چهار نبش تمام پايه ها را تراش داده و در چهار گوشه هر يك ، ستوني استوانه اي ـ با بتن مسلّح ـ بالا آوردند سپس درون چهار ستون را بر چيدند و در نتيجه آن گنبد عظيم بر فراز سي و دو ، تا چهل ستون بر قرار شد. روي ستونهاي سيماني را با قطعاتي از مرمر ماشين تراش به عرض ده و ارتفاع پنجاه سانتيمتر زينت دادند ، به طوري كه تمام ستونها مرمر پوش گرديدند و در ساق آنها به جاي ته ستون صفحه مدرّجي از بُرُنْز " صيقلي زيبا ، اضافه نمودند كه زيبايي آنها را دو چندان نمود. تعداد ستونهاي اين گنبد رفيع به اضا فه ستونهاي جانبي و ستون هاي رواق كنار آن به پنجاه ستون مي رسد. باني اين گنبد مرتفع و مسجد با عظمت مرحوم " حجة السلام حاج آقا محمّد طباطبايي " فرزند مرحوم آية الله حاج آقا حسين قمي است كه از سال 1360 هـ . ق ، تا 1370 هـ . ق بناي آن طول كشيد . (107) در زاويه شمال غربي اين مكان مقدّس قبور شهداء بزرگي از علماء و فضلاي حوزه علميه واقع است : " قبر مرحوم شهيد آية الله ربّا ني شيرازي و شهيد ربّاني املشي و شهيد محمّد منتظري و شهيد آية الله قدّوسي و شهيد محلّاتي " كه اين خود بر صفا و معنويت اين مكان افزوده است.