يكي از مشكلات مهم احداث مسجد در اين نقطه محدوديت مكاني زمين و ناموزون بودن آن بود . چون بطوري كه مشاهده مي شود ، مسجد از يك طرف به آستانه مقدسه و از طرف ديگر به ساحل رودخانه محدود است . و در نتيجه محوطه مسجد به شكل مثلث ناموزوني است كه ضلع غربي آن حدود 120 متر و قاعده آن حدود 15 متر مي باشد . مشكل ديگر وجود خانه هايي بود كه درمحدوده زمين مسجد قرار داشت كه خريد آنها هزينه زيادي را مي طلبيد ، اما به دستور آن بزرگوار با مشكلات زيادي همه آن خانه ها خريداري و رضايت صاحبان آنها جلب شد. همچنين بيش از 3000 متر از كنار مسجد بالاسر از بيوتات و متعلقات آستانه مقدسه بود كه با درايت خاص ايشان در حريم مسجد قرار گرفت . سرانجام با عنايات الهي و رفع مشكلات ياد شده نقشه ساختماني مسجد زير نظر مهند سان و معماران كار آزموده اي چون مرحوم لرزاده به طور دقيق و جامع طراحي شد و بر اساس آن ساخت مسجد آغاز گرديد و پس از شش سال كار متمادي عمده كارهاي ساختماني آن به پايان رسيد و درنيمه اول 1339 هـ . ش با اقامه نماز جماعت توسط حضرت آية الله العظمي بروجردي رحمه الله ا فتتاح و مورد بهره برداري قرار گرفت .