هناك كثيرا من الشبهات أثيرت من حولالبهرة في الفترة الأخيرة ضمن حملة قادتهابعض الأطراف المعادية للشيعة.. (10)ومن هذه الشبهات ما يثار حول دور البهرةفي مصر والأهداف التي جاءوا لتحقيقهافيها. وما يثار حول عقائدهم وحقيقة مذهبهم.وما يثار حول تعديهم على الآثار.ومثل هذه الشبهات إنما كانت لها أبعادهاالسياسية خاصة في فترة الحرب العراقيةالايرانية حين كانت الحرب على أشدها علىالشيعة وإيران..وقد حاول البعض إثارة الحكومة على البهرةوطردهم من مصر. إلا أن الحكومة على ما يبدوراضية عليهم ومطمئنة إلى وجودهم بمصر. ولمتظهر أية بوادر من البهرة تستفز الحكومةأو تثير جهاز الأمن عليهم. وكلا الطرفينيتعامل مع الآخر وفق حدود مرسومة..