قبر سكينه درباب الصغير ابتداى در اصلى است و داراى گنبدى بزرگ به رنگ سبز مى باشد كه دو گنبد ديگر نيز اطراف آن هستند. بر فراز اين مرقد مناره اى نيز برنگ سبز ديده مى شود. قبر سكينه(س) و ام كلثوم زينب صغرى دختر امام على(ع) هر دو داخل يك حجره و شبستان بزرگى است. نماى اين مرقد از قبل از دوران عثمانى است كه به احتمال زياد در آن دوران تجديد بنا شده و بر اساس تابلويى كه بر در ورودى نصب گرديده در سال 1330ق نيز مرمت شده است.
در داخل شبستان و حجره مذكور ـ و سمت راست ـ ضريحى از چوب و پوشيده از پارچه سبز رنگى ديده مى شود كه به سكينه(س) تعلق دارد. سمت چپ آن نيز ضريح ديگرى به همان شكل از ام كلثوم صغرى مى باشد. در كنار ديوار پلكانى است كه به زير زمين باز مى شود. در آن جا ضريح و تابوت هر دو قبر در دو اطاقك بسيار كوچك و كوتاه قرار دارند. قبر سكينه(س) به وسيله محفظه اى شيشه اى احاطه شده و سنگ قبرى از قرن دوم هجرى بر آن ديده مى شود. بر روى اين سنگ آياتى از قرآن به خط كوفى سده دوم حجارى شده است.